Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004100`

染色体: Chr02 坐标: 63328762-63333191 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004100`
名称	SmilChr02G004100
描述	protein PIN-LIKES 3-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	63328762 - 63333191 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011030`
GeneID	`131011030`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011030`
原始查询	`SmilChr02G004100`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PIN-LIKES 3-like
产物	protein PIN-LIKES 3-like
Arabidopsis	`AT1G76520` (AT1G76520) Auxin efflux carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843985] identity=50.5; qcov=0.925; evalue=7.02e-102; confidence=high
Rice	`Os09g0491740` (OsPILS1) - identity=46.1; qcov=0.861; evalue=3.18e-88; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0080162 (endoplasmic reticulum to cytosol auxin transport)
KEGG	-
Pfam	PF03547 (Mem_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011030

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057794750.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057794750.1`
3	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057794748.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057794748.1`
5	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057794748.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:63329736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B104,B134,B47,C17
`Chr2:63330433`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr2:63331691`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:63332193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr2:63332577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794748.1

420 aa

210

420

Mem_trans

PF03547 Mem_trans 11-410 aa

XP_057794749.1

420 aa

210

420

Mem_trans

PF03547 Mem_trans 11-410 aa

XP_057794750.1

345 aa

172

345

Mem_trans

PF03547 Mem_trans 11-293 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794748.1`	Pfam	`PF03547`	Mem_trans	Family	11	410	2.5e-71	240.8	Membrane transport protein
`XP_057794749.1`	Pfam	`PF03547`	Mem_trans	Family	11	410	2.5e-71	240.8	Membrane transport protein
`XP_057794750.1`	Pfam	`PF03547`	Mem_trans	Family	11	293	2.9e-45	155.1	Membrane transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938765.1
GTGTGATGTGTGAGCAATAATATTACTCGTTTTCTTGAAAGAATAAATAGAAGTAATTAAAAAGGAAAAGAAAGAAAAGGGTGTATATATTTATTCAGAAAAAAATATTTATTTAAATCCAGAACTTTTCTTTAATGAGACGATGAAACGTGATCTAGCTGGTTTTCTAAATTTCTACATCATTCGTTTATGGCGTAATTTATTTTTGTAAGCATGAATTGAGTGATGGAATTGGAGGGATTAATCAAGTCTTGAACATA...

XM_057938767.1
GTGTGATGTGTGAGCAATAATATTACTCGTTTTCTTGAAAGAATAAATAGAAGTAATTAAAAAGGAAAAGAAAGAAAAGGGTGTATATATTTATTCAGAAAAAAATATTTATTTAAATCCAGAACTTTTCTTTAATGAGACGATGAAACGTGATCTAGCTGGTTTTCTAAATTTCTACATCATTCGTTTATGGCGTAATTTATTTTTGTAAGCATGAATTGAGTGATGGAATTGGAGGGATTAATCAAGTCTTGAACATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131011030
ATGGCCCTTTTGGATCTATTCACGGCGTCGTCTGTTCCTGTGGTGAAAGTGCTTCTGGTGACTGCGTTGGGGTCGTATCTTGCAGTGGACCGCGTAAACATTCTGGGAGATGATGCTAGGAAGCATTTGAACAATATTACGTTCTTCGTATTTAATCCAGCACTTGTCTACAGTAACTTAGCCAGCACATTAACATTTGAAAGCATGGTTGAGTTGTGGTTCATGCCCTTTAATATCCTCTTCACATTCATAATTGGTTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057794748.1
MALLDLFTASSVPVVKVLLVTALGSYLAVDRVNILGDDARKHLNNITFFVFNPALVYSNLASTLTFESMVELWFMPFNILFTFIIGSALGWVVIQFTRPPSHLHGLIIGCCAAGNLGNLLLIIIPAVCKERGSPFGDGDTCVKYGMAYASLSMATGAIYLWSYVYNIVRVSSSRSSREVEIIDSPTHTSSREGSPSSSGKSLTDPLLSSSVLIETEDHEKGLGQLQDRFESKPQVCLTDKIKQRLGSVFSKMNLKKILAP...

XP_057794749.1
MALLDLFTASSVPVVKVLLVTALGSYLAVDRVNILGDDARKHLNNITFFVFNPALVYSNLASTLTFESMVELWFMPFNILFTFIIGSALGWVVIQFTRPPSHLHGLIIGCCAAGNLGNLLLIIIPAVCKERGSPFGDGDTCVKYGMAYASLSMATGAIYLWSYVYNIVRVSSSRSSREVEIIDSPTHTSSREGSPSSSGKSLTDPLLSSSVLIETEDHEKGLGQLQDRFESKPQVCLTDKIKQRLGSVFSKMNLKKILAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器