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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004105

染色体: Chr02 坐标: 63352229-63361209 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004105
名称SmilChr02G004105
描述uncharacterized SmilChr02G004105
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63352229 - 63361209 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011034
GeneID131011034
locus_tag-
NCBI NameLOC131011034
原始查询SmilChr02G004105

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calponin-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838691]; symbol=AT1G20970; hit=AT1G20970; species=arabidopsis; confidence=medium
产物calponin-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838691]; symbol=AT1G20970; hit=AT1G20970; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G20970 (AT1G20970)
calponin-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838691]
identity=45.3; qcov=0.484; evalue=1.09e-125; confidence=medium
RiceOs08g0390000 (BIP131)
-
identity=24.8; qcov=0.324; evalue=8.88e-21; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF27883 (PPI_C); PF28572 (PPI_helical)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011034

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794754.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057794754.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057794754.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794754.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63355164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:63355480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:63355486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B93,C2,D11
Chr2:63355490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B20,B34,C12,C16
Chr2:63355499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:63355538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:63355734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:63355824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:63355934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B68,B84,C47
Chr2:63355971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:63356658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:63356804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B68,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794754.1
1419 aa
N
1
710
1419
PPI_helical
PPI_C
C
PF28572 PPI_helical 851-1132 aa PF27883 PPI_C 1265-1300 aa
XP_057794755.1
1419 aa
N
1
710
1419
PPI_helical
PPI_C
C
PF28572 PPI_helical 851-1132 aa PF27883 PPI_C 1265-1300 aa
XP_057794756.1
1419 aa
N
1
710
1419
PPI_helical
PPI_C
C
PF28572 PPI_helical 851-1132 aa PF27883 PPI_C 1265-1300 aa
XP_057794757.1
1419 aa
N
1
710
1419
PPI_helical
PPI_C
C
PF28572 PPI_helical 851-1132 aa PF27883 PPI_C 1265-1300 aa
XP_057794758.1
1418 aa
N
1
709
1418
PPI_helical
PPI_C
C
PF28572 PPI_helical 851-1131 aa PF27883 PPI_C 1264-1299 aa
XP_057794759.1
1418 aa
N
1
709
1418
PPI_helical
PPI_C
C
PF28572 PPI_helical 851-1131 aa PF27883 PPI_C 1264-1299 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794754.1 Pfam PF28572 PPI_helical Domain 851 1132 1.5e-10 41.7 Proton pump-interactor helical domain
XP_057794754.1 Pfam PF27883 PPI_C Domain 1265 1300 8.1e-10 39.3 Proton pump-interactor C-terminal domain
XP_057794755.1 Pfam PF28572 PPI_helical Domain 851 1132 1.5e-10 41.7 Proton pump-interactor helical domain
XP_057794755.1 Pfam PF27883 PPI_C Domain 1265 1300 8.1e-10 39.3 Proton pump-interactor C-terminal domain
XP_057794756.1 Pfam PF28572 PPI_helical Domain 851 1132 1.5e-10 41.7 Proton pump-interactor helical domain
XP_057794756.1 Pfam PF27883 PPI_C Domain 1265 1300 8.1e-10 39.3 Proton pump-interactor C-terminal domain
XP_057794757.1 Pfam PF28572 PPI_helical Domain 851 1132 1.5e-10 41.7 Proton pump-interactor helical domain
XP_057794757.1 Pfam PF27883 PPI_C Domain 1265 1300 8.1e-10 39.3 Proton pump-interactor C-terminal domain
XP_057794758.1 Pfam PF28572 PPI_helical Domain 851 1131 1.3e-10 41.9 Proton pump-interactor helical domain
XP_057794758.1 Pfam PF27883 PPI_C Domain 1264 1299 8.1e-10 39.3 Proton pump-interactor C-terminal domain
XP_057794759.1 Pfam PF28572 PPI_helical Domain 851 1131 1.3e-10 41.9 Proton pump-interactor helical domain
XP_057794759.1 Pfam PF27883 PPI_C Domain 1264 1299 8.1e-10 39.3 Proton pump-interactor C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938771.1
ATAAATCAGAAATTAGAAGGAAAAAGAAAAAGAAGTAAAAAAGAAAAAGAAAAGGTAGAATGTATGAAGTAAAAGCCAGCCATCAAATCCCTATTTATAACTGTAATAGATCTAGTTTCGGACACCTCCATTCACACCGCCAGACCCATCATTCACATATTTCATTTTTCACATACATTCACACACCGCCACTCCGAAACCGCTCTCCATCGGCCGCCCTCCACTCCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCAAT...
XM_057938775.1
ATAAATCAGAAATTAGAAGGAAAAAGAAAAAGAAGTAAAAAAGAAAAAGAAAAGGTAGAATGTATGAAGTAAAAGCCAGCCATCAAATCCCTATTTATAACTGTAATAGATCTAGTTTCGGACACCTCCATTCACACCGCCAGACCCATCATTCACATATTTCATTTTTCACATACATTCACACACCGCCACTCCGAAACCGCTCTCCATCGGCCGCCCTCCACTCCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCAAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131011034
ATGGCCGAAACGGAGGTTTCAAAGGAGGCATCTAAAGTGGTTGCAATTGAGGAGAAATGTGGGCTGGACATGAGCTCTTACCAGGATCTACCCAAGCCCGACAGCAACGGGACCAACCACCATAACCAAGCCAATGATCTTGACAACTCATATGTTTTTGTTACTGGGGCTGATGGCCTGCCTGATGGTGCTCCCGATGACAAGGGTGTGGCTGTTGGGGTTTCTAATGTTCCACCTCAACCTGAGGATTCCCAAAATGG...
LOC131011034
ATGGCCGAAACGGAGGTTTCAAAGGAGGCATCTAAAGTGGTTGCAATTGAGGAGAAATGTGGGCTGGACATGAGCTCTTACCAGGATCTACCCAAGCCCGACAGCAACGGGACCAACCACCATAACCAAGCCAATGATCTTGACAACTCATATGTTTTTGTTACTGGGGCTGATGGCCTGCCTGATGGTGCTCCCGATGACAAGGGTGTGGCTGTTGGGGTTTCTAATGTTCCACCTCAACCTGAGGATTCCCAAAATGG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057794754.1
MAETEVSKEASKVVAIEEKCGLDMSSYQDLPKPDSNGTNHHNQANDLDNSYVFVTGADGLPDGAPDDKGVAVGVSNVPPQPEDSQNGKLGEVSEEDQHLIEGENGEVEPSNGDSHLVNYSTCKHESSHEDGEGVQVSVADYGEVNTCKIESSPKAEVKLEDSDGIIESVAKAEGFQVSVVDSQEVHTGKTGSVAEANVKQVEDLNGKSESMPEAEVEKAVDRNGEFEGMGDGEQENFDGVKVAESPPCLVDNQETQVGAL...
XP_057794755.1
MAETEVSKEASKVVAIEEKCGLDMSSYQDLPKPDSNGTNHHNQANDLDNSYVFVTGADGLPDGAPDDKGVAVGVSNVPPQPEDSQNGKLGEVSEEDQHLIEGENGEVEPSNGDSHLVNYSTCKHESSHEDGEGVQVSVADYGEVNTCKIESSPKAEVKLEDSDGIIESVAKAEGFQVSVVDSQEVHTGKTGSVAEANVKQVEDLNGKSESMPEAEVEKAVDRNGEFEGMGDGEQENFDGVKVAESPPCLVDNQETQVGAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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