当前解析结果
SmilChr02G004146| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004146 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004146 |
| 描述 | putative HVA22-like protein g |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 63779208 - 63782520 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011070 |
|---|---|
| GeneID | 131011070 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011070 |
| 原始查询 | SmilChr02G004146 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative HVA22-like protein g |
| 产物 | putative HVA22-like protein g |
| Arabidopsis | AT5G42560 (AT5G42560)Abscisic acid-responsive (TB2/DP1, HVA22) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834262] identity=50.8; qcov=1.05; evalue=4.72e-93; confidence=high |
| Rice | Os03g0132300- identity=63.5; qcov=0.603; evalue=7.8e-79; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03134 (TB2_DP1_HVA22) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011070 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus membrane | 核膜 | 1.00000 | XP_057794806.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057794806.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057794806.1 |
| 4 | Nucleus inner membrane | Nucleus inner membrane | 0.80000 | XP_057794806.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057794806.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:63780563 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:63781268 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B86 |
Chr2:63782258 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B68,C15,C32,C68 |
Chr2:63782277 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr2:63782328 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B7 |
Chr2:63782328 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr2:63782339 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B140,C12 |
Chr2:63782355 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 21 | A14,A16,A23,B105,B110,B123,B134,B135,B25,B3,B48,B49,B54,B83,B88,C15,C19,C58,C59,C6,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794806.1PF03134
TB2_DP1_HVA22 19-97 aa
XP_057794807.1PF03134
TB2_DP1_HVA22 19-97 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794806.1 |
Pfam | PF03134 |
TB2_DP1_HVA22 | Family | 19 | 97 | 2.1e-24 | 85.9 | TB2/DP1, HVA22 family |
XP_057794807.1 |
Pfam | PF03134 |
TB2_DP1_HVA22 | Family | 19 | 97 | 2.1e-24 | 85.9 | TB2/DP1, HVA22 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。