当前解析结果
SmilChr02G004155| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004155 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004155 |
| 描述 | WEB family protein At1g75720 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 63869128 - 63870639 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011078 |
|---|---|
| GeneID | 131011078 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011078 |
| 原始查询 | SmilChr02G004155 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WEB family protein At1g75720 |
| 产物 | WEB family protein At1g75720 |
| Arabidopsis | AT1G75720 (AT1G75720)WEB family protein (DUF827) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843906] identity=38.5; qcov=1.18; evalue=6.62e-27; confidence=medium |
| Rice | Os04g0116900- identity=31; qcov=1.39; evalue=5.45e-18; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05701 (WEMBL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011078 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057794814.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057794814.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794814.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794814.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794814.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:63869358 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,B127,B54 |
Chr2:63869565 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B124,C25,C83 |
Chr2:63870374 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr2:63870377 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,D1 |
Chr2:63870405 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C54,C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794814.1PF05701
WEMBL 12-109 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794814.1 |
Pfam | PF05701 |
WEMBL | Coiled-coil | 12 | 109 | 1.8e-09 | 37.6 | Weak chloroplast movement under blue light |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。