Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004157`

染色体: Chr02 坐标: 63888779-63893074 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004157`
名称	SmilChr02G004157
描述	protein PGR
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	63888779 - 63893074 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011080`
GeneID	`131011080`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011080`
原始查询	`SmilChr02G004157`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PGR
产物	protein PGR
Arabidopsis	`AT5G19930` (AT5G19930) integral membrane protein (Protein of unknown function DUF92, transmembrane) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832115] identity=69.2; qcov=0.972; evalue=2.41e-133; confidence=high
Rice	`Os01g0507300` - identity=67; qcov=0.909; evalue=1.71e-122; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01940 (DUF92)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011080

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057794816.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057794816.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794816.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794816.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794816.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:63888964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr2:63889546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,C25,C83
`Chr2:63889635`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C25
`Chr2:63889650`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B103,B127,B54
`Chr2:63889678`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr2:63890662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr2:63891459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794816.1

287 aa

144

287

DUF92

PF01940 DUF92 14-275 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794816.1`	Pfam	`PF01940`	DUF92	Family	14	275	1.3e-76	258.0	Integral membrane protein DUF92

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938833.1
AAGAAAATACGAATCATCACGAAGCCATGGGAAGATTTCTTCATCTGGTCCAAGTTAGGCAACACAAAATAAGAGGAATATCAAAAATGAAAAATAAAAAATGTCAATAATAAATACTCCATAGGGGTTACGCAACTGGTCAAAAGTAGCAGGTGCAATTGTACAAAGCAGGCAGTTCTACTCTACATAGACTAATAAATTGGGAGGCTCGATTCGATTCCCATTCAAAACCGCCGAATACAGAGTTGAAACTTCATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011080
ATGGAAAGAAATTTGGTCCAACCATTGGTTGCAGTAGCTCTTTCAGCTGTAATTTCCACCAGGTCATATAAAAAGAAGTCCCTTGACCTTTCTGGAGCTCTTTCTGGTTTTGCTGTCATGACGATTCATATTGCCGTCAATTACAGGTTCGGTGCTCTGTTACTTGGCTTCTTTGTTACTTCTTCAATGTTAACGAAAGTTGGAGAGGACAAAAAGAAGAAAGTTGATGCAGATTTTAAGGAGGGTGGTCAACGCAACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794816.1
MERNLVQPLVAVALSAVISTRSYKKKSLDLSGALSGFAVMTIHIAVNYRFGALLLGFFVTSSMLTKVGEDKKKKVDADFKEGGQRNWIQVFSNSGIATILVLIAWTQVGMQDFCLNSKESRLMTSLAGGILGHYCCSNGDTWSSELGVLSDEQPRLITNFKPVQKGTNGGVTKAGFLAAAAAGSVLGLTFVILGFLTTSCTFNVAMKQLLLIPVSALSGLCGSVIDSLLGATLQYSGFCSVRKKVVSKAGVTVKRISGLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器