Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004159`

染色体: Chr02 坐标: 63905106-63909942 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004159`
名称	SmilChr02G004159
描述	uncharacterized SmilChr02G004159
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	63905106 - 63909942 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011082`
GeneID	`131011082`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011082`
原始查询	`SmilChr02G004159`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843907]; symbol=AT1G75730; hit=AT1G75730; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843907]; symbol=AT1G75730; hit=AT1G75730; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G75730` (AT1G75730) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843907] identity=36; qcov=0.198; evalue=2.56e-09; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011082

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794818.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794818.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794818.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794818.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057794818.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:63905432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B50,C23
`Chr2:63905520`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B50,C23
`Chr2:63905740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B140,C12
`Chr2:63905828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B140,C12
`Chr2:63905846`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr2:63905847`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,D1
`Chr2:63905903`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A1,A13,B117,C27,C3,C53
`Chr2:63906006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C83
`Chr2:63906071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C25
`Chr2:63906115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr2:63906267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr2:63906565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938838.1
CTTTTCTTAATTGCACTGTATCGTTTAATTCTCCCGTCTCTTGAATACTCGCTTCACCTCACACACTCAGCGTGACTGCTGTTTTTCAACCGAGTTATCCCGTCTTGTTCATAGTTTTGGAAGTTTGTGTTACAAGAGAGAGAGATATTTGAAGCTGCAGTTGAGCTCAACTTTTTCAAAGGGGGGATGTGAAATGGGCTCTGCTGCATTTGCTGATGAAGATGAGTCTCAGCCTAGTACTAGTAATTGCAAGAGTTACA...

XM_057938837.1
GTATCGTTTAATTCTCCCGTCTCTTGAATACTCGCTTCACCTCACACACTCAGCGTGACTGCTGTTTTTCAACCGAGTTTTGGAAGTTTGTGTTACAAGAGAGAGAGATATTTGAAGCTGCAGTTGAGCTCAACTTTTTCAAAGGGGGGATGTGAAATGGGCTCTGCTGCATTTGCTGATGAAGATGAGTCTCAGCCTAGTACTAGTAATTGCAAGAGTTACAAGTTATCAACTACGATTCTTGATGGATGTGGTGCTGC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA

LOC131011082
ATGCTCTTTCGTGTTATCTTTTTGCGGTTGAAGTTATCCCGTCTTGTTCATAGTTTTGGAAGTTTGTGTTACAAGAGAGAGAGATATTTGAAGCTGCAGTTGAGCTCAACTTTTTCAAAGGGGGGATGTGAAATGGGCTCTGCTGCATTTGCTGATGAAGATGAGTCTCAGCCTAGTACTAGTAATTGCAAGAGTTACAAGTTATCAACTACGATTCTTGATGGATGTGGTGCTGCTAATCATCATGCCTCGATTCCTCG...

LOC131011082
ATGGGCTCTGCTGCATTTGCTGATGAAGATGAGTCTCAGCCTAGTACTAGTAATTGCAAGAGTTACAAGTTATCAACTACGATTCTTGATGGATGTGGTGCTGCTAATCATCATGCCTCGATTCCTCGCAAGCTACGGTCCGCCATCAAAAAGCGGGGCCGGGTGTCTGTTACTTCGCCATTCCTAACTTCAAGGAAGCAGCATCGTGTGTCAACTACAGGTGATACGCTCAGAAAAGATGGTGCAAAGAAATCCAAACT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA

XP_057794818.1
MLFRVIFLRLKLSRLVHSFGSLCYKRERYLKLQLSSTFSKGGCEMGSAAFADEDESQPSTSNCKSYKLSTTILDGCGAANHHASIPRKLRSAIKKRGRVSVTSPFLTSRKQHRVSTTGDTLRKDGAKKSKLNKKQRRITKDEEEVAETLFALAGMFSDADKADQQIIDDEKPEIKSLATLEEDSCPTLEEETRKIGSKVTLGAVCPSSVVNSTAEEVIYQTLEARQPELLFSSKQAAIPNPSGDQSDLRPGSTSRPLVLM...

XP_057794819.1
MGSAAFADEDESQPSTSNCKSYKLSTTILDGCGAANHHASIPRKLRSAIKKRGRVSVTSPFLTSRKQHRVSTTGDTLRKDGAKKSKLNKKQRRITKDEEEVAETLFALAGMFSDADKADQQIIDDEKPEIKSLATLEEDSCPTLEEETRKIGSKVTLGAVCPSSVVNSTAEEVIYQTLEARQPELLFSSKQAAIPNPSGDQSDLRPGSTSRPLVLMLGMNPSGEEELHLDQVAASGFQHGKNKYKELFPLPNLSATRATS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器