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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004160

染色体: Chr02 坐标: 63919134-63923371 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004160
名称SmilChr02G004160
描述probable alkaline/neutral invertase B
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63919134 - 63923371 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011083
GeneID131011083
locus_tag-
NCBI NameLOC131011083
原始查询SmilChr02G004160

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable alkaline/neutral invertase B
产物probable alkaline/neutral invertase B
ArabidopsisAT4G34860 (A/N-InvB)
Plant neutral invertase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829638]
identity=76.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0550600 (OsNIN8)
-
identity=74.5; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004575 (sucrose alpha-glucosidase activity); GO:0005987 (sucrose catabolic process); GO:0033926 (endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity)
KEGGsmil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF12899 (Glyco_hydro_100)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011083

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057794824.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794824.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794824.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794824.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794824.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63919487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B19,B28
Chr2:63919532 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B72
Chr2:63920299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B68,C15,C32,C68
Chr2:63920515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B111,B118,B45,C77
Chr2:63920617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:63921432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:63922157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B44,B45,B50,C23
Chr2:63922223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B9
Chr2:63922386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B124,C25,C47,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794824.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
XP_057794825.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
XP_057794826.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
XP_057794827.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
XP_057794828.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
XP_057794829.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
XP_057794830.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
XP_057794831.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
XP_057794832.1
567 aa
N
1
284
567
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 106-541 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794824.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase
XP_057794825.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase
XP_057794826.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase
XP_057794827.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase
XP_057794828.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase
XP_057794829.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase
XP_057794830.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase
XP_057794831.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase
XP_057794832.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 106 541 9.5e-219 727.2 Alkaline and neutral invertase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096733.1
CCCCCATTTTATTTTCTGATTATTAATGTTGGGACTCGATTAAACTTATGTGAATGAGTTTTTCTGGAGTTGTTCGGTTGAAATGCAATAGCAAGATTTGTGGATTGGGTGATAGTTTGATCTTTACACCAATTGATTAGGAATCTATCTTTGAACAGATAAGTCAAGATGTCTCCAATTGTTGATGGTAATGGAAATGCCAAACATAACGAATCGAGTTCTTCGATTTTTGAGATTGGAGAGTCAGATTTGTCCAGATT...
XM_057938849.1
GTTGTGGAGATTTTCCCAATCCAGGCTTCGGACCTTCCCATAAAGTCTGACGTGGCGGTCACCTCTTGCTTTCGGTTAGGTGGGATCTTTACCGGCTTATCAAGTCGCACCAAATTTGCAACCGGATATTCCGATAAGTCAAGATGTCTCCAATTGTTGATGGTAATGGAAATGCCAAACATAACGAATCGAGTTCTTCGATTTTTGAGATTGGAGAGTCAGATTTGTCCAGATTGTTGGAGAAACCAAAGCCTGTAAAC...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131011083
ATGTCTCCAATTGTTGATGGTAATGGAAATGCCAAACATAACGAATCGAGTTCTTCGATTTTTGAGATTGGAGAGTCAGATTTGTCCAGATTGTTGGAGAAACCAAAGCCTGTAAACATAGAAAGGAAGAGATCTTTTGATGAGAGATCCATTAGTGAGCTGTCGATCTCATCCCCGCCCCGCCAATTTTACAAAAACAGTGAGAATTCGTCGCGTGTCTTTGACAACTTCGGGAGCATTCATTCCCCAGGGAGGTCTGG...
LOC131011083
ATGTCTCCAATTGTTGATGGTAATGGAAATGCCAAACATAACGAATCGAGTTCTTCGATTTTTGAGATTGGAGAGTCAGATTTGTCCAGATTGTTGGAGAAACCAAAGCCTGTAAACATAGAAAGGAAGAGATCTTTTGATGAGAGATCCATTAGTGAGCTGTCGATCTCATCCCCGCCCCGCCAATTTTACAAAAACAGTGAGAATTCGTCGCGTGTCTTTGACAACTTCGGGAGCATTCATTCCCCAGGGAGGTCTGG...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057794824.1
MSPIVDGNGNAKHNESSSSIFEIGESDLSRLLEKPKPVNIERKRSFDERSISELSISSPPRQFYKNSENSSRVFDNFGSIHSPGRSGVSTPRSFYCMETHPIVAEAWEALQRSIVHFREQPVGTLAALDNSTEELNYDQVFVRDFVPSALAFLMNGEPEIVKNFLLKTLRLQSWEKKVDNFTLGAGVMPASFKVLHDPVRNNETIIADFGECAIGRVAPVDSGFWWIILLRAYTKSTGDNTLAEMPEFQRGIKLILALCL...
XP_057794825.1
MSPIVDGNGNAKHNESSSSIFEIGESDLSRLLEKPKPVNIERKRSFDERSISELSISSPPRQFYKNSENSSRVFDNFGSIHSPGRSGVSTPRSFYCMETHPIVAEAWEALQRSIVHFREQPVGTLAALDNSTEELNYDQVFVRDFVPSALAFLMNGEPEIVKNFLLKTLRLQSWEKKVDNFTLGAGVMPASFKVLHDPVRNNETIIADFGECAIGRVAPVDSGFWWIILLRAYTKSTGDNTLAEMPEFQRGIKLILALCL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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