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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004165

染色体: Chr02 坐标: 63968746-63970278 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004165
名称SmilChr02G004165
描述uncharacterized SmilChr02G004165
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63968746 - 63970278 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011088
GeneID131011088
locus_tag-
NCBI NameLOC131011088
原始查询SmilChr02G004165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011088

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794838.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794838.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794838.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794838.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057794838.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63969036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:63969062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:63969152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:63969273 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 135 A1,A10,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A3,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B107,B110,B112,B113,B114,B115,B118,B12,B120,B121,B122,B126,B132,B133,B136,B138,B139,B14,B16,B17,B21,B22,B23,B27,B32,B34,B36,B37,B38,B39,B40,B46,B47,B55,B56,B57,B58,B60,B62,B63,B64,B68,B7,B71,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B93,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C17,C18,C19,C2,C20,C23,C24,C29,C30,C31,C33,C35,C36,C39,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C51,C52,C54,C56,C59,C6,C64,C66,C69,C70,C71,C75,C76,C79,C8,C80,C82,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9
Chr2:63969286 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 109 A1,A10,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A22,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B107,B110,B113,B118,B12,B120,B122,B132,B133,B136,B138,B139,B14,B16,B21,B22,B23,B27,B34,B36,B37,B40,B46,B47,B55,B56,B57,B58,B60,B63,B64,B68,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B88,B93,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C13,C17,C18,C19,C2,C20,C23,C24,C29,C30,C31,C35,C36,C39,C40,C41,C43,C48,C51,C54,C56,C59,C6,C64,C66,C70,C71,C75,C76,C79,C8,C82,C84,C85,C86,C9,D1,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9
Chr2:63969537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C85
Chr2:63969867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:63969882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B34,C19,C36
Chr2:63969893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C25,C83
Chr2:63969982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:63970016 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C40
Chr2:63970016 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 1 C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938855.1
AGCATAAACCCTAGGTGACCCTCCATCTCTAGTCGATTGGCACGTGGCATCAGCAGCTCCCCTCTCTGGATTTATTTGTCCAACCCCCTTTCCACCACGCTATACCCCTTCTCTCTGCAAATTCTTCGTTACCATTTTCCTCATCCAAATCTACTCAACAGAAAACAGAGGATGCTACAACAGCCATCAATAGTCAGAAGCACAGAGAGCTCTCTGCTCACTTCCGCCACAGACGACGAAATTCATGTCGCTCAAATTCT...
XM_057938856.1
AAACCCTAGGTGACCCTCCATCTCTAGTCGATTGGCACGTGGCATCAGCAGCTCCCCTCTCTGGATTTATTTGTCCAACCCCCTTTCCACCACGCTATACCCCTTCTCTCTGCAAATTCTTCGTTACCATTTTCCTCATCCAAATCTACTCAACAGAAAACAGAGGATGCTACAACAGCCATCAATAGTCAGAAGCACAGAGAGCTCTCTGCTCACTTCCGCCACAGACGACGAAATTCATGTCGCTCAAATTCTTCTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011088
ATGCTACAACAGCCATCAATAGTCAGAAGCACAGAGAGCTCTCTGCTCACTTCCGCCACAGACGACGAAATTCATGTCGCTCAAATTCTTCTGCATATGACCACCATGATCTGGGCCGGGTCGGGTCTCAAATGGGGCAGCAAAAGGAGAAGATCTAGATCGGATGAGCCATATCGGAAAACCGACGTCCGAGAAGAGAGGGCCAAGGCGGAGGCCAGCCCCGTCACTCCGCTCGCTTTCCTGCCCAGTGAATCTGATGA...
LOC131011088
ATGCTACAACAGCCATCAATAGTCAGAAGCACAGAGAGCTCTCTGCTCACTTCCGCCACAGACGACGAAATTCATGTCGCTCAAATTCTTCTGCATATGACCACCATGATCTGGGCCGGGTCGGGTCTCAAATGGGGCAGCAAAAGGAGAAGATCTAGATCGGATGAGCCATATCGGAAAACCGACGTCCGAGAAGAGAGGGCCAAGGCGGAGGCCAGCCCCGTCACTCCGCTCGCTTTCCTGCCCAGTGAATCTGATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794838.1
MLQQPSIVRSTESSLLTSATDDEIHVAQILLHMTTMIWAGSGLKWGSKRRRSRSDEPYRKTDVREERAKAEASPVTPLAFLPSESDDNKSNKTCKKRVAYLSYQCTFVLLFSSYLYLDYQCLFVSYVTINFVQSMEAYVDMIEELSQQRDLLRGEIESVTNYYNKLINHNSQLKAMKQEALNSWPRKEEPKLESRNLAMEITSKNEEMSSSECEPLVEDQMAEIFRRSYFGPISAQSYNGLKSTNHMDPTGIPDLNVSAE...
XP_057794839.1
MLQQPSIVRSTESSLLTSATDDEIHVAQILLHMTTMIWAGSGLKWGSKRRRSRSDEPYRKTDVREERAKAEASPVTPLAFLPSESDDNKSNKTCKKRSMEAYVDMIEELSQQRDLLRGEIESVTNYYNKLINHNSQLKAMKQEALNSWPRKEEPKLESRNLAMEITSKNEEMSSSECEPLVEDQMAEIFRRSYFGPISAQSYNGLKSTNHMDPTGIPDLNVSAEEISPPLDLNGDRRARFAEARRRRMDIIRVKSMRAAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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