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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004179`

染色体: Chr02 坐标: 64078338-64090839 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004179`
名称	SmilChr02G004179
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	64078338 - 64090839 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011102`
GeneID	`131011102`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011102`
原始查询	`SmilChr02G004179`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28
产物	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28
Arabidopsis	`AT4G16630` (AT4G16630) DEA(D/H)-box RNA helicase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827364] identity=64.6; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0481100` (OsRH28) - identity=69.3; qcov=0.827; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0003724 (RNA helicase activity); GO:0005524 (ATP binding)
KEGG	-
Pfam	PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF04851 (ResIII)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011102

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794855.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057794855.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794855.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794855.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794855.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:64078512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,C44
`Chr2:64078604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B1,B82,C30,C71
`Chr2:64078723`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr2:64079547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B69,C25
`Chr2:64081871`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr2:64081928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C83
`Chr2:64081998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A6,B120,B77
`Chr2:64084855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:64084887`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	B10,B2,B30,B41,C3,C34,C79,D10
`Chr2:64085041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	18	A21,A23,B104,B113,B117,B2,B20,B58,B66,B79,B84,B89,B99,C10,C60,C76,C81,C82
`Chr2:64085087`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	251	A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D8,D9
`Chr2:64085105`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B98,C18,C22,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794855.1

732 aa

366

732

DEAD

ResIII

Helicase_C

PF00270 DEAD 154-324 aa PF04851 ResIII 167-318 aa PF00271 Helicase_C 367-471 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794855.1`	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	154	324	7.9e-49	166.3	DEAD/DEAH box helicase
`XP_057794855.1`	Pfam	`PF04851`	ResIII	Family	167	318	4.1e-08	34.0	Type III restriction enzyme, res subunit
`XP_057794855.1`	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	367	471	1.7e-30	106.2	Helicase conserved C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938872.1
GGATGAACCTTTGCCCTATAATGGACCTCTTGTTTTAAACTAACAAACCGCCTACTTGTTTCTGTGATGAGTACGGTACGGCCCAACAATCATATATTTTCATAAACCCTTACCACTGCAAATTCCTAAACCCTTCATCCAATATCCACGCTCGCCTCCAATGGAGAAATTCGTCTTCGAACCGCCCAGCGATGAGGAAATCGACCATAACATTGAGACCGAGTCCGAAGAAGAAGCTGAAGATTCCGACAACGAAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011102
ATGGAGAAATTCGTCTTCGAACCGCCCAGCGATGAGGAAATCGACCATAACATTGAGACCGAGTCCGAAGAAGAAGCTGAAGATTCCGACAACGAAGAAATAGTACGGAAAAACAAGAAAACCTTGCCTTGGGACTTCTCCTCCTACACTGAATCGATCGCCGACGAGCACGCGAGGCGGAGAACCACTTCGGTGGACTACAAAATTAGTAAAGCTCTCGAGCGCCGCCCGATCGCCGCAGGATATGATGATTCCGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794855.1
MEKFVFEPPSDEEIDHNIETESEEEAEDSDNEEIVRKNKKTLPWDFSSYTESIADEHARRRTTSVDYKISKALERRPIAAGYDDSEERSDSEIEIQEGYRSEEEDAVPTTSGNDAKAFFSNLDGVLFKANSFLDLHLSRPLLRACEALEYSKPTPIQAACIPLALNGRDICASAITGSGKTAAFALPTLERLLYRPKNRPAVRVLILSPTRELAAQIGSMIKQLAQFTPNIRCCVIVGGDSTKAQEAALRTLPDIVVATP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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