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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004195

染色体: Chr02 坐标: 64288849-64296311 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004195
名称SmilChr02G004195
描述GDSL esterase/lipase EXL1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64288849 - 64296311 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011118
GeneID131011118
locus_tag-
NCBI NameLOC131011118
原始查询SmilChr02G004195

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase EXL1-like
产物GDSL esterase/lipase EXL1-like
ArabidopsisAT1G75900 (AT1G75900)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843923]
identity=57.9; qcov=0.485; evalue=1.43e-136; confidence=medium
RiceOs10g0438600 (OsGELP107)
-
identity=52.3; qcov=0.453; evalue=2.22e-115; confidence=medium
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011118

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057794884.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057794884.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057794884.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794884.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794884.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64289613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:64289627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B103,B115,B54,C45
Chr2:64289749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:64289813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr2:64289931 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B73
Chr2:64289931 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B73
Chr2:64290020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr2:64290063 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 29 A5,B10,B105,B110,B117,B128,B131,B132,B136,B26,B31,B33,B37,B46,B55,B57,B76,B9,C23,C30,C39,C41,C49,C61,C67,C71,C82,C86,D4
Chr2:64290069 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 29 A5,B10,B105,B110,B117,B128,B131,B132,B136,B26,B31,B33,B37,B46,B55,B57,B76,B9,C23,C30,C39,C41,C49,C61,C67,C71,C82,C86,D4
Chr2:64291362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B78,C1
Chr2:64291475 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B26,C84
Chr2:64291475 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 B26,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794884.1
709 aa
N
1
354
709
Lipase_GDSL
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 36-348 aa PF00657 Lipase_GDSL 391-699 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794884.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 36 348 3.4e-64 217.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057794884.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 391 699 3.4e-64 217.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938901.1
AGGCCTATTTCTTAAATCTACATGCACTCAAACAACGATATATTATAATAACGAAAACAAGAAGACAATAAATGTTATATGCATGCTTGTGGTATAAGAAAACTTGGATCACTGCAGAAAAGAGTAGACAGGTGGTTATATATATATATATATAAGTCGGAATGCATTCTACATATTGCTACTACAACAAACTTAGCACAAAATGAAGCAAGTAATTAATTGTTACATTTGCGGTGTGTGTTTTGTTATGTTGTTTGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011118
ATGAAGCAAGTAATTAATTGTTACATTTGCGGTGTGTGTTTTGTTATGTTGTTTGTGAGTTGCAAAGGAGTGATAAAGCTGCCGGAAAATATGACGATTCCGGCAGTTTACGCATTCGGAGACTCGATAGTGGATCAGGGCAACAACAACCTCATCAAGACCCTCATCTACTGCAACTTCCTTCCCTACGGTCAGGATTTTCCCGGTGGATTTCCCTCCGGCAGGTTTACCAATGGCAAGACTCCTCCTGATTTGATCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794884.1
MKQVINCYICGVCFVMLFVSCKGVIKLPENMTIPAVYAFGDSIVDQGNNNLIKTLIYCNFLPYGQDFPGGFPSGRFTNGKTPPDLIAEELGIKDLIPAYSDKNLTAQDLPTGVSFASGGCGYDPQTSKIVAVTSLSDQLGHFKEYIGKLKGAVGEEGTNKILKEGLFLVVAGSDDLANTYFTVGIRRMQYDISSYADLLVASASDFIQEIYKLGARRIAVFSIPPIGCLPSQRTLAGGSKRDCADNYNKAAQLVNSKLSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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