当前解析结果
SmilChr02G004195| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004195 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004195 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase EXL1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 64288849 - 64296311 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011118 |
|---|---|
| GeneID | 131011118 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011118 |
| 原始查询 | SmilChr02G004195 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase EXL1-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase EXL1-like |
| Arabidopsis | AT1G75900 (AT1G75900)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843923] identity=57.9; qcov=0.485; evalue=1.43e-136; confidence=medium |
| Rice | Os10g0438600 (OsGELP107)- identity=52.3; qcov=0.453; evalue=2.22e-115; confidence=medium |
| GO | GO:0005576 (extracellular region); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011118 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057794884.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057794884.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057794884.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794884.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794884.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:64289613 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr2:64289627 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A15,B103,B115,B54,C45 |
Chr2:64289749 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr2:64289813 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr2:64289931 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B73 |
Chr2:64289931 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr2:64290020 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr2:64290063 |
GCT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 29 | A5,B10,B105,B110,B117,B128,B131,B132,B136,B26,B31,B33,B37,B46,B55,B57,B76,B9,C23,C30,C39,C41,C49,C61,C67,C71,C82,C86,D4 |
Chr2:64290069 |
A |
AAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 29 | A5,B10,B105,B110,B117,B128,B131,B132,B136,B26,B31,B33,B37,B46,B55,B57,B76,B9,C23,C30,C39,C41,C49,C61,C67,C71,C82,C86,D4 |
Chr2:64291362 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B78,C1 |
Chr2:64291475 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B26,C84 |
Chr2:64291475 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B26,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794884.1PF00657
Lipase_GDSL 36-348 aa
PF00657
Lipase_GDSL 391-699 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794884.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 36 | 348 | 3.4e-64 | 217.6 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057794884.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 391 | 699 | 3.4e-64 | 217.6 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。