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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004220`

染色体: Chr02 坐标: 64415065-64415801 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004220`
名称	SmilChr02G004220
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL23
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	64415065 - 64415801 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011138`
GeneID	`131011138`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011138`
原始查询	`SmilChr02G004220`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase ATL23
产物	E3 ubiquitin-protein ligase ATL23
Arabidopsis	`AT5G42200` (AT5G42200) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834225] identity=50.4; qcov=1.04; evalue=8.39e-46; confidence=medium
Rice	`Os06g0192800` - identity=40.5; qcov=0.636; evalue=1.96e-17; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF14634 (zf-RING_5); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011138

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057794902.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057794902.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057794902.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057794902.1`
5	Endosome	内体	0.20000	`XP_057794902.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:64415264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:64415301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr2:64415336`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr2:64415351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B135,B77,C49,C71
`Chr2:64415382`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr2:64415504`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr2:64415528`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr2:64415582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794902.1

132 aa

132

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-RING_5

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

zf-rbx1

PF17123 zf-RING_11 73-101 aa PF13639 zf-RING_2 73-116 aa PF14634 zf-RING_5 73-116 aa PF13445 zf-RING_UBOX 74-113 aa PF00097 zf-C3HC4 74-115 aa PF13923 zf-C3HC4_2 74-115 aa PF12678 zf-rbx1 74-116 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794902.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	73	101	8.1e-11	42.1	RING-like zinc finger
`XP_057794902.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	73	116	9.5e-15	55.3	Ring finger domain
`XP_057794902.1`	Pfam	`PF14634`	zf-RING_5	Domain	73	116	1.8e-06	28.5	zinc-RING finger domain
`XP_057794902.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	74	113	7.3e-06	26.6	RING-type zinc-finger
`XP_057794902.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	74	115	1.2e-06	29.0	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057794902.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	74	115	1.9e-08	34.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057794902.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	74	116	1.3e-08	35.7	RING-H2 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938919.1
CACGCTCTGTTTATAAATCCCACCCATTTATTCCTTCTTTTCTTGCCACCCTAATCATGGACTACATTCCGCTCCAACCTGCGTAGAACCCATTTTTCTTCAACACACATTCCAAAATATTTATAACAAAGAACTAAGTGTTTCTAAGGAAAGAAAAAATGCTAGTGTCAATATTTCTTGCTCTGTTTCTACCATGCGCCGGAATGAGCGTCATTTTTCTGGTGTACATCTGTTTGCTGTGCTACTCTGCGCGTACAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011138
ATGCTAGTGTCAATATTTCTTGCTCTGTTTCTACCATGCGCCGGAATGAGCGTCATTTTTCTGGTGTACATCTGTTTGCTGTGCTACTCTGCGCGTACAAGCAATGACGAGCAGCAGTTCCGTGCACCGGTAAAACCCTTTCAAAACAGGGGCCTCTCCGCCTCGGATCTCCAGAAATTGCCCAAGGTGACCGGCAAAGATCTGGTGCTAGGCACCGACTGCGCCATCTGTTTGGACGAAATTGAGAGCGAGCAACCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794902.1
MLVSIFLALFLPCAGMSVIFLVYICLLCYSARTSNDEQQFRAPVKPFQNRGLSASDLQKLPKVTGKDLVLGTDCAICLDEIESEQPARMVPGCNHGFHLECADAWLSKNSICPVCRAKIGPELFNPSQISPC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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