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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004221

染色体: Chr02 坐标: 64424381-64430938 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004221
名称SmilChr02G004221
描述calcium-dependent protein kinase 29
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64424381 - 64430938 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011139
GeneID131011139
locus_tag-
NCBI NameLOC131011139
原始查询SmilChr02G004221

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-dependent protein kinase 29
产物calcium-dependent protein kinase 29
ArabidopsisAT1G76040 (CPK29)
calcium-dependent protein kinase 29 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843936]
identity=69.4; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0515100 (OsCDPK19)
calcium-dependent protein kinase 19-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4343373]
identity=67.7; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011139

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057794903.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794903.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794903.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794903.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794903.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64424555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr2:64424567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr2:64424910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr2:64424924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:64425168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:64425180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B19,B28
Chr2:64429751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,C43,C55
Chr2:64429880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,A8,B21,B40,C53
Chr2:64430130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,A8,B21,B40,C53
Chr2:64430536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr2:64430699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,B91,C17
Chr2:64430709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794903.1
521 aa
N
1
260
521
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_7
EF-hand_6
EF-hand_1
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_1
C
PF00069 Pkinase 70-328 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 71-321 aa PF13499 EF-hand_7 375-436 aa PF13202 EF-hand_5 376-398 aa PF00036 EF-hand_1 376-403 aa PF13405 EF-hand_6 376-404 aa PF13833 EF-hand_8 388-435 aa PF13202 EF-hand_5 412-433 aa PF13833 EF-hand_8 442-475 aa PF13499 EF-hand_7 445-508 aa PF13405 EF-hand_6 448-476 aa PF00036 EF-hand_1 449-473 aa PF13202 EF-hand_5 450-470 aa PF13833 EF-hand_8 461-509 aa PF13202 EF-hand_5 483-507 aa PF00036 EF-hand_1 483-509 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794903.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 70 328 5.7e-74 249.5 Protein kinase domain
XP_057794903.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 71 321 3.2e-26 92.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057794903.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 375 436 2.4e-33 115.0 EF-hand domain pair
XP_057794903.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 376 398 1.4e-22 78.8 EF hand
XP_057794903.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 376 403 3.4e-32 108.3 EF hand domain
XP_057794903.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 376 404 4.3e-27 91.9 EF-hand domain
XP_057794903.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 388 435 1.4e-14 54.2 EF-hand domain pair
XP_057794903.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 412 433 1.4e-22 78.8 EF hand
XP_057794903.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 442 475 1.4e-14 54.2 EF-hand domain pair
XP_057794903.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 445 508 2.4e-33 115.0 EF-hand domain pair
XP_057794903.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 448 476 4.3e-27 91.9 EF-hand domain
XP_057794903.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 449 473 3.4e-32 108.3 EF hand domain
XP_057794903.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 450 470 1.4e-22 78.8 EF hand
XP_057794903.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 461 509 1.4e-14 54.2 EF-hand domain pair
XP_057794903.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 483 507 1.4e-22 78.8 EF hand
XP_057794903.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 483 509 3.4e-32 108.3 EF hand domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938920.1
GAAGCAAACAAACAAACAACAAAGCAAAGCACCTCAAAAAGTAGACCCCTCCCCGCTATTCCATAACATCGCGACTACAACAGCTTTCCCCATCCAACATCATATTCATATTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCGACATGGGATTCTGTTTCTCAAAGTTATGCAGGAAATCGAGAGACATTCCGATATCATCATCCTCAGATACAGAGTCCCCGTCTCTCCCTTACAATCAGCACTTCCCCTTCCACGACGCAGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011139
ATGGGATTCTGTTTCTCAAAGTTATGCAGGAAATCGAGAGACATTCCGATATCATCATCCTCAGATACAGAGTCCCCGTCTCTCCCTTACAATCAGCACTTCCCCTTCCACGACGCAGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCACCCGCTCCACTCCCATCAACCGTGGGCCGCATTCTCGGAAAACCATACGTGGACATAAGCAGGCTGTACGAGCTGGACAAAGAGCTCGGCAGAGGGCAGTTCGGCATCACTTATCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794903.1
MGFCFSKLCRKSRDIPISSSSDTESPSLPYNQHFPFHDAAPPPPPPPPAPLPSTVGRILGKPYVDISRLYELDKELGRGQFGITYLCTDKASGMKYACKSIPTKKLITQKDVDDVKREIMILQHLTGQPNIVEFRGAYEDSKNLHLVMELCSGGELFDRITAKGSYSEKEAARIGRQIVNVVHVSHFMGVMHRDLKPENFLMVSRDDHSPLKATDFGLSVFIESGKVYRDLVGSAYYVAPEVLRRNYGKEIDVWSAGVIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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