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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004230

染色体: Chr02 坐标: 64498614-64500758 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004230
名称SmilChr02G004230
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20300, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64498614 - 64500758 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012974
GeneID131012974
locus_tag-
NCBI NameLOC131012974
原始查询SmilChr02G004230

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20300, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20300%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G20300 (AT1G20300)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838618]
identity=62; qcov=0.949; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0542800
-
identity=50; qcov=0.725; evalue=1.13e-152; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012974

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796946.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057796946.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796946.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796946.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796946.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64498681 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B72
Chr2:64498681 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B72
Chr2:64499119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B2,B40,B95,C14
Chr2:64499167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr2:64499570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr2:64499675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,A8,B21,B40,C53
Chr2:64499758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B84
Chr2:64499853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B63,B8,B83,C56
Chr2:64499956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:64500175 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796946.1
568 aa
N
1
284
568
TPR_24
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR_long
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_3
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
C
PF23276 TPR_24 190-312 aa PF13812 PPR_3 204-262 aa PF01535 PPR 219-248 aa PF13041 PPR_2 219-264 aa PF13812 PPR_3 280-330 aa PF23276 TPR_24 281-382 aa PF12854 PPR_1 283-313 aa PF13041 PPR_2 285-333 aa PF17177 PPR_long 286-397 aa PF01535 PPR 287-317 aa PF12854 PPR_1 316-347 aa PF01535 PPR 322-352 aa PF13041 PPR_2 326-364 aa PF13812 PPR_3 328-367 aa PF13812 PPR_3 343-400 aa PF13041 PPR_2 354-403 aa PF01535 PPR 357-387 aa PF23276 TPR_24 375-486 aa PF17177 PPR_long 376-525 aa PF13812 PPR_3 378-436 aa PF12854 PPR_1 387-417 aa PF13041 PPR_2 389-435 aa PF01535 PPR 392-422 aa PF13812 PPR_3 413-471 aa PF13041 PPR_2 425-471 aa PF13041 PPR_2 459-507 aa PF01535 PPR 462-490 aa PF13812 PPR_3 483-540 aa PF12854 PPR_1 491-522 aa PF01535 PPR 498-527 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796946.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 190 312 3.8e-24 85.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057796946.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 204 262 7.8e-57 190.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796946.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 219 248 4.2e-56 184.1 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 219 264 2e-86 284.7 PPR repeat family
XP_057796946.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 280 330 7.8e-57 190.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796946.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 281 382 3.8e-24 85.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057796946.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 283 313 1.1e-60 201.7 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 285 333 2e-86 284.7 PPR repeat family
XP_057796946.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 286 397 4.6e-30 105.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057796946.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 287 317 4.2e-56 184.1 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 316 347 1.1e-60 201.7 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 322 352 4.2e-56 184.1 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 326 364 2e-86 284.7 PPR repeat family
XP_057796946.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 328 367 7.8e-57 190.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796946.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 343 400 7.8e-57 190.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796946.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 354 403 2e-86 284.7 PPR repeat family
XP_057796946.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 357 387 4.2e-56 184.1 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 375 486 3.8e-24 85.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057796946.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 376 525 4.6e-30 105.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057796946.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 378 436 7.8e-57 190.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796946.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 387 417 1.1e-60 201.7 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 389 435 2e-86 284.7 PPR repeat family
XP_057796946.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 392 422 4.2e-56 184.1 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 413 471 7.8e-57 190.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796946.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 425 471 2e-86 284.7 PPR repeat family
XP_057796946.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 459 507 2e-86 284.7 PPR repeat family
XP_057796946.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 462 490 4.2e-56 184.1 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 483 540 7.8e-57 190.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796946.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 491 522 1.1e-60 201.7 PPR repeat
XP_057796946.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 498 527 4.2e-56 184.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940963.1
CCTAAAACCCTAAAACTTAACGTCGTCTAATTTGGATGGTCAATTTTGAGTACTTGCCAAATACTCTTCACTCCAAATTCCACTACCCCCTCTCCCACTTCTCCATAATCCATAAGCAGCAGAAGCAACCTCCAATGGCGATTGCGCAGTTAAATAGACCCTTCAGTTTGACCCTTCACGTTTTCTCGCCTCTTTTGAGGACCACTAGTAACCTGTACTCATCTTCCTCCGCCGCGACCGAGCTAGAAACAGACATAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012974
ATGGTCAATTTTGAGTACTTGCCAAATACTCTTCACTCCAAATTCCACTACCCCCTCTCCCACTTCTCCATAATCCATAAGCAGCAGAAGCAACCTCCAATGGCGATTGCGCAGTTAAATAGACCCTTCAGTTTGACCCTTCACGTTTTCTCGCCTCTTTTGAGGACCACTAGTAACCTGTACTCATCTTCCTCCGCCGCGACCGAGCTAGAAACAGACATAGTTGCAGGAGACGATACCGAGGAAACACGCCCCGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796946.1
MVNFEYLPNTLHSKFHYPLSHFSIIHKQQKQPPMAIAQLNRPFSLTLHVFSPLLRTTSNLYSSSSAATELETDIVAGDDTEETRPAVELSSAENFIAGNFYSLIKDHHRKNPNFALNPINPNVALPSLSFEFSNISTVQSISAAVVRHVIEKCGAPRHGIPFPQTLAFFNWATSALEPSQSLELFNEMVDLSGKVRQFDVAWNLIDSMKAQNVKIPIETFSILIRRYIRAGMAVEAVHTFNRIQEYGCEPDRKAFSIVIG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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