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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004238

染色体: Chr02 坐标: 64558095-64560466 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004238
名称SmilChr02G004238
描述uncharacterized SmilChr02G004238
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64558095 - 64560466 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012982
GeneID131012982
locus_tag-
NCBI NameLOC131012982
原始查询SmilChr02G004238

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsDNLZ1; symbol=OsDNLZ1; hit=Os06g0724400; species=rice; confidence=high
产物OsDNLZ1; symbol=OsDNLZ1; hit=Os06g0724400; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G27280 (AT5G27280)
Zim17-type zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832786]
identity=75.3; qcov=0.667; evalue=7.06e-71; confidence=high
RiceOs06g0724400 (OsDNLZ1)
-
identity=56.6; qcov=0.995; evalue=2.92e-72; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0006457 (protein folding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix); GO:0050821 (protein stabilization); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF05180 (zf-DNL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012982

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057796955.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057796955.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796955.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796955.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796955.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64558399 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B101
Chr2:64558399 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B101
Chr2:64558401 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B101
Chr2:64558401 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B101
Chr2:64559938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:64560328 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C70
Chr2:64560328 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C70
Chr2:64560331 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C70
Chr2:64560331 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C70
Chr2:64560334 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 16 A13,B18,B26,B49,B52,B73,B78,B8,B91,B93,C38,C46,C50,C60,C63,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796955.1
213 aa
N
1
106
213
zf-DNL
C
PF05180 zf-DNL 130-183 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796955.1 Pfam PF05180 zf-DNL Domain 130 183 2.5e-17 63.3 DNL zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940972.1
AAAAGAAAAGAATAAACTATTTAGGCAGTGCTGTCCGATTTCGTCTAGTTTTGTTTTCTGTCCGCTGCAAAATTATAGAGCCGCACATACTTACATCTAGATACACAACTAAGCTGAATAATGGAAACTCTAACCACCACCACCACCACCACCGGCGCCGTATCTCTGCCGCTGTTCTCCCCCTTCAAACCCAAACGACTAACTTTCCGTCGGCTCCTCCGATACTCAATTTCCCCCAATAATGGCAATAATAGCAACGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012982
ATGGAAACTCTAACCACCACCACCACCACCACCGGCGCCGTATCTCTGCCGCTGTTCTCCCCCTTCAAACCCAAACGACTAACTTTCCGTCGGCTCCTCCGATACTCAATTTCCCCCAATAATGGCAATAATAGCAACGGAAAAATTAACAGCGAAAGCGATCTCAATTCTGATTCCGCCCTAGTCCCCATTTTAAGAAATGGAACTCTCTCGAAGGATGATGCGATGGGGTTGGTGCTTAGTGCCGCAAACGTGGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796955.1
METLTTTTTTTGAVSLPLFSPFKPKRLTFRRLLRYSISPNNGNNSNGKINSESDLNSDSALVPILRNGTLSKDDAMGLVLSAANVGGWTTGSGMEGPPVPAGADSNSVTERVSTFPWSLFTKSPRRRMRVAFTCNVCGQRTTRAINPHAYTDGTVFVQCCGCNVFHKLVDHLNLFHEMKCYVNSSFNPNPNDNMNIKYLDMDEDNNDNIFPPF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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