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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004240

染色体: Chr02 坐标: 64589329-64596205 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004240
名称SmilChr02G004240
描述serine/threonine-protein kinase STY46-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64589329 - 64596205 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012989
GeneID131012989
locus_tag-
NCBI NameLOC131012989
原始查询SmilChr02G004240

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase STY46-like
产物serine/threonine-protein kinase STY46-like
ArabidopsisAT4G38470 (STY46)
ACT-like protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830003]
identity=68.3; qcov=0.801; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0544300 (OsACTPK3)
-
identity=66.4; qcov=0.827; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796965.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057796965.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057796965.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796965.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796965.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64590580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr2:64591544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:64593014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr2:64593215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr2:64593285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B2,B82,C71,D5
Chr2:64593383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B34,B87,C19
Chr2:64593984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr2:64594159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B36,B46
Chr2:64594256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:64594824 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B111,B140,C34,C70,C73
Chr2:64594824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B140,C34,C70,C73
Chr2:64594842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B140,C34,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796965.1
574 aa
N
1
287
574
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 285-534 aa PF00069 Pkinase 288-531 aa
XP_057796966.1
520 aa
N
1
260
520
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 231-480 aa PF00069 Pkinase 234-477 aa
XP_057796967.1
519 aa
N
1
260
519
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 230-479 aa PF00069 Pkinase 233-476 aa
XP_057796968.1
468 aa
N
1
234
468
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 179-428 aa PF00069 Pkinase 182-425 aa
XP_057796969.1
468 aa
N
1
234
468
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 179-428 aa PF00069 Pkinase 182-425 aa
XP_057796970.1
468 aa
N
1
234
468
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 179-428 aa PF00069 Pkinase 182-425 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796965.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 285 534 2e-69 234.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796965.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 288 531 8.6e-57 193.2 Protein kinase domain
XP_057796966.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 231 480 1.6e-69 234.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796966.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 234 477 6.8e-57 193.6 Protein kinase domain
XP_057796967.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 230 479 1.6e-69 234.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796967.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 233 476 6.8e-57 193.6 Protein kinase domain
XP_057796968.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 179 428 1.1e-69 235.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796968.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 182 425 5.3e-57 193.9 Protein kinase domain
XP_057796969.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 179 428 1.1e-69 235.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796969.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 182 425 5.3e-57 193.9 Protein kinase domain
XP_057796970.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 179 428 1.1e-69 235.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796970.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 182 425 5.3e-57 193.9 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097551.1
ACAAGTATGGGTGAAGCAGACAAGCAAAGGGGTGATAGAAGCAAAGTATCCTGCCTCGTTTGAATCCACGTCAACATTCATTACAAAAATGGAGACTTTTTATTTAACCAGTCTTATTTTTCGTTAAATCAAAACTTTAATTGATTAAACTTTATTTTCATGCAAACTGCCACAAGGAATATGCACAACAATATATACATACAGGATATATACATAGTTTTCTTACATCACGCCCCACCAACTCCTATTTTTGCCTTTCC...
XM_057940982.1
GAATAAGAAAACAAGTATGGGTGAAGCAGACAAGCAAAGGGGTGATAGAAGCAAAGTATCCTGCCTCGTTTGAATCCACGTCAACATTCATTACAAAAATGGAGACTTTTTATTTAACCAGTCTTATTTTTCGTTAAATCAAAACTTTAATTGATTAAACTTTATTTTCATGCAAACTGCCACAAGGAATATGCACAACAATATATACATACAGGATATATACATAGTTTTCTTACATCACGCCCCACCAACTCCTATTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131012989
ATGGGAGATAGTCAGAGCCAGAGCTGCAGCAGCCGGCAATCCGAGTGGTCACCGCTTCAAAGCCGAAAAAGGCGCCAGAAAATTGAAGTCTTTCACGAAGTGTTGTGTAGGCTCAGAGAATTGGATATCGAGGAGGCTGCTCAACCGGGTTTTGAAGATGAACTGTGGGCTCATTTTAACATGTTTCCTCTTCGCTATGCTTTGGATGTCAATACTGAACGGGCAGAGGATGTCCTGGTGCACAAGAAATTATTGAACTT...
LOC131012989
ATGACAATTCATTCTTTGATGCTGCTGAGACTCTATGCTTTGGATGTCAATACTGAACGGGCAGAGGATGTCCTGGTGCACAAGAAATTATTGAACTTGGCGCGTGATCCTCTCACACGGCCCGCTGTTGATGTGCGCCTTGTGCAGGTTCGGCCCACCGCCGATGGAAATTCTGGCAATACTGTCCATTCAAGCTTCACCAAAGGAGGGAATGCTCTCCTGTCAGATAGCGTTCACCCTCCACCCGCTTTTGGCCCATC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057796965.1
MGDSQSQSCSSRQSEWSPLQSRKRRQKIEVFHEVLCRLRELDIEEAAQPGFEDELWAHFNMFPLRYALDVNTERAEDVLVHKKLLNLARDPLTRPAVDVRLVQVRPTADGNSGNTVHSSFTKGGNALLSDSVHPPPAFGPSANFELAFEGNESNAQDENSSVSRKSYFLRPMHEITISTKDKTKLLSGLTCLMSEIGLNIQEAHAFCTIDGYSLDVFVVDGWEKGIDCLRATLVKEIPYIEKQSIKQELVSPAAGLGQSG...
XP_057796966.1
MTIHSLMLLRLYALDVNTERAEDVLVHKKLLNLARDPLTRPAVDVRLVQVRPTADGNSGNTVHSSFTKGGNALLSDSVHPPPAFGPSANFELAFEGNESNAQDENSSVSRKSYFLRPMHEITISTKDKTKLLSGLTCLMSEIGLNIQEAHAFCTIDGYSLDVFVVDGWEKGIDCLRATLVKEIPYIEKQSIKQELVSPAAGLGQSGFNIPSCHVEIPIDGNDVWEIDANLLEFEYKIASGSNGDMYKGLFRSQDVAIKIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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