Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004247`

染色体: Chr02 坐标: 64659067-64663174 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004247`
名称	SmilChr02G004247
描述	U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	64659067 - 64663174 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013017`
GeneID	`131013017`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013017`
原始查询	`SmilChr02G004247`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein
产物	U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein
Arabidopsis	`AT3G07860` (AT3G07860) Ubiquitin-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819977] identity=66.9; qcov=0.828; evalue=9.77e-66; confidence=high
Rice	`Os04g0663500` - identity=57.5; qcov=1; evalue=2.53e-73; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005689 (U12-type spliceosomal complex)
KEGG	-
Pfam	PF18036 (Ubiquitin_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013017

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057797000.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057797000.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057797000.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797000.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797000.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:64659469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr2:64659508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B69,C26,C4,C5
`Chr2:64659579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B130
`Chr2:64660834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797000.1

186 aa

186

Ubiquitin_4

PF18036 Ubiquitin_4 60-165 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797000.1`	Pfam	`PF18036`	Ubiquitin_4	Domain	60	165	3e-35	121.1	Ubiquitin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009097557.1
CAATTAACCATATTCAAAATGAAAAAATAGAACAAACACTAATTTTCTGTTGAGAAAAGTAAGGAGACGTTAGTTTGTTTGCTAAATATCCAAACAAAATGATGAAGAAACGTGTTCTGTTGAGAGCAGCACCCTGGCCTCCTCTGTCTTCCGTCGCAGTTCTATTATCATTCCTCTTCTTCTTCGCAGCATTGTCGGAATCGGCTCCCCTTTTTCCTCAAACCCTCATTTCTGACGCCGATGTGCTGAATTAGATTTTT...

XR_009097556.1
CAATTAACCATATTCAAAATGAAAAAATAGAACAAACACTAATTTTCTGTTGAGAAAAGTAAGGAGACGTTAGTTTGTTTGCTAAATATCCAAACAAAATGATGAAGAAACGTGTTCTGTTGAGAGCAGCACCCTGGCCTCCTCTGTCTTCCGTCGCAGTTCTATTATCATTCCTCTTCTTCTTCGCAGCATTGTCGGAATCGGCTCCCCTTTTTCCTCAAACCCTCATTTCTGACGCCGATGTGCTGAATTAGATTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013017
ATGGATGCATCAACTGATGATACGAATCCGGAGGAGGACGCTCGCACCACCACCTCCACCGCCGTCAGCACGACGCCAGAGTACAACAGCAGCAGCGTCAAGAAGGCTAGATTGGAATCAACCCTGGCGGCGCTTCTCACTGATCCAGTTCTCGCCGACGTGCCAAAGAAACCTTTTCTTTCCGACGTCGACACACTCATCAATTTGGAGCTCGGAAGCGCCATGCGTCTCACTGTCCTCAAATTGGATGGGACATCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797000.1
MDASTDDTNPEEDARTTTSTAVSTTPEYNSSSVKKARLESTLAALLTDPVLADVPKKPFLSDVDTLINLELGSAMRLTVLKLDGTSFDVALMNTATLKDLKLAVKKKVNEMEESNMGHRQISWRHVWANFCLLYHNEKLLDDNCSLHDYGIRNNSQVQFIPYVVSKASGRHSRSRKHLFHGLNRKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器