当前解析结果
SmilChr02G004274| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004274 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004274 |
| 描述 | lysine histidine transporter-like 8 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 64943513 - 64945652 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012997 |
|---|---|
| GeneID | 131012997 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012997 |
| 原始查询 | SmilChr02G004274 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lysine histidine transporter-like 8 |
| 产物 | lysine histidine transporter-like 8 |
| Arabidopsis | AT1G47670 (AT1G47670)Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841177] identity=57.2; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0562100 (OsLHT7)- identity=60.2; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01490 (Aa_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012997 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057796979.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057796979.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057796979.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796979.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796979.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:64943760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C75,D1 |
Chr2:64943786 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C31 |
Chr2:64943786 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr2:64943791 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C56,C65 |
Chr2:64944316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr2:64945096 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr2:64945320 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B61,C12 |
Chr2:64945536 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796979.1PF01490
Aa_trans 91-500 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796979.1 |
Pfam | PF01490 |
Aa_trans | Domain | 91 | 500 | 6.7e-63 | 213.5 | Transmembrane amino acid transporter protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。