Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004303

染色体: Chr02 坐标: 65419697-65421066 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004303
名称SmilChr02G004303
描述uncharacterized SmilChr02G004303
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向65419697 - 65421066 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013044
GeneID131013044
locus_tag-
NCBI NameLOC131013044
原始查询SmilChr02G004303

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polyadenylate-binding protein 1-B-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834516]; symbol=AT5G44860; hit=AT5G44860; species=arabidopsis; confidence=high
产物polyadenylate-binding protein 1-B-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834516]; symbol=AT5G44860; hit=AT5G44860; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G44860 (AT5G44860)
polyadenylate-binding protein 1-B-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834516]
identity=73.8; qcov=1.01; evalue=1.54e-161; confidence=high
RiceOs01g0800300
-
identity=52.3; qcov=1.04; evalue=9.8e-102; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF29520 (DUF8558)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013044

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057797020.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057797020.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057797020.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057797020.1
5 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057797020.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:65420137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:65420730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797020.1
317 aa
N
1
158
317
DUF8558
C
PF29520 DUF8558 1-314 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797020.1 Pfam PF29520 DUF8558 Domain 1 314 3.9e-105 352.5 Domain of unknown function (DUF8558)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941037.1
CAAAATTAGTTGGTATAATGTGGTTGAGTCGAGTTATCAGAGACGCGTTACTCCCAAGAATAGCAGCTGGCAGCTACTCCTCTCCGCCCGCCGCCGCCGCCGTTGCCGCCGCAAATGCCACCCACGTCTATTCTCCTTCCCCCTCTCTTTAATCCTTAGGATCTACCGCTTCAGCTGCTGATTAGATTGATTTCCATCAGTTTTCCCCAATTTTCCGCTCATAGTTTGTGAGATCATACAGATCCGAATTCGGGTGCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013044
ATGGATCTGGCGGCGGAAGAACTTCAATTCTTGAGCATCACCGACATCCTCAAAGAATCAATCGCTATCCCCAAACAGTCGCCTAAAACCTTCTACCTCGTTACCCTAACCTTGATTTTCCCCCTCTCATTCGCCATCTTAGCTCACTCTCTCTTCACTCACCCTATTCTCTCTCAGCTTCAGTCCGATCCCTCCGCCGCCTCCTCCGACTGGACGAAGCTACTAATTTTCCAGTTCTTCTACCTTATCTTCCTCTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797020.1
MDLAAEELQFLSITDILKESIAIPKQSPKTFYLVTLTLIFPLSFAILAHSLFTHPILSQLQSDPSAASSDWTKLLIFQFFYLIFLFAFSLLSTAAVVFTVASLYTSKPVSFSSTISAIPSVFKRLFVTFLWVSLTMVVYNIVFLLFIGLLLVAVDMQNVLLFLFSLVVVFLMFLVVHVYISALWHLASVVSVVEPVYGFAAMKKSYELLKGKSGMGFILVFSYLAICGVISMLFGSVVVHGGEDYGVMTRIMVGGFLVGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器