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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004304

染色体: Chr02 坐标: 65424302-65430699 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004304
名称SmilChr02G004304
描述potassium transporter 10-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向65424302 - 65430699 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013045
GeneID131013045
locus_tag-
NCBI NameLOC131013045
原始查询SmilChr02G004304

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 10-like
产物potassium transporter 10-like
ArabidopsisAT2G35060 (KUP11)
K+ uptake permease 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818071]
identity=77.5; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0613900 (OsHAK11)
-
identity=75.2; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797021.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057797022.1
3 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057797021.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797021.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797021.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:65425648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C60
Chr2:65426063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B63,B75,B83,C4
Chr2:65427416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:65429242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:65429570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C58,C84
Chr2:65429798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C86
Chr2:65430057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr2:65430125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:65430244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B137,B62,C77,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797021.1
792 aa
N
1
396
792
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 52-522 aa PF22776 K_trans_C 552-788 aa
XP_057797022.1
756 aa
N
1
378
756
K_trans
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 52-361 aa PF02705 K_trans 361-486 aa PF22776 K_trans_C 516-752 aa
XP_057797023.1
629 aa
N
1
314
629
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 35-359 aa PF22776 K_trans_C 389-625 aa
XP_057797025.1
608 aa
N
1
304
608
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 15-338 aa PF22776 K_trans_C 368-604 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797021.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 52 522 1.3e-161 538.9 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057797021.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 552 788 4.8e-25 88.9 K+ potassium transporter C-terminal domain
XP_057797022.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 52 361 1.5e-137 459.6 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057797022.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 361 486 1.5e-137 459.6 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057797022.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 516 752 4.2e-25 89.0 K+ potassium transporter C-terminal domain
XP_057797023.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 35 359 1.5e-115 387.1 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057797023.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 389 625 2.2e-25 89.9 K+ potassium transporter C-terminal domain
XP_057797025.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 15 338 6.2e-116 388.3 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057797025.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 368 604 2.3e-25 89.9 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941038.1
AGTGAGATTTTTGTCTTTACAAGTTAATAAAGTAGTAATTTCTAACAGCACTTTTAATATGAGTGTTGAGTATTGGCTGATTCATGCCGAAAATTGACTATTGATGAACTTGCTTTCCATACATAAATCCTTATTTCTTTCGGTAAATAAGTCGTTCATCAATGAGAAAACTGAAGACTCTCTCTCTCTCTCTTGATTCAATGATAGAGGAGGAAGACGACAGACATTAGAGAGAGAAAGCTCTGACTGATTTTTACTTG...
XM_057941039.1
AGTGAGATTTTTGTCTTTACAAGTTAATAAAGTAGTAATTTCTAACAGCACTTTTAATATGAGTGTTGAGTATTGGCTGATTCATGCCGAAAATTGACTATTGATGAACTTGCTTTCCATACATAAATCCTTATTTCTTTCGGTAAATAAGTCGTTCATCAATGAGAAAACTGAAGACTCTCTCTCTCTCTCTTGATTCAATGATAGAGGAGGAAGACGACAGACATTAGAGAGAGAAAGCTCTGACTGATTTTTACTTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131013045
ATGGAATCTGGAGTTGATTCTGATGGAGGCAATGAAACTACTAAGGGAAGTATGTGGGTTTTGGAGCAGAAGCTTGATCAGCCCATGGATGAGGAGGCTGGAAGGATTAAAAATATGTACAGAGAAAAGAAATTCTCGGCATTTTTGCTCCTAAGGCTTGCATTCCAGAGTCTGGGAGTGGTATATGGAGACTTGGGAACATCTCCCTTATATGTGTTCTATAACACTTTTCCTCGGGGAATTGAAGATCCGGAGGATGT...
LOC131013045
ATGGAATCTGGAGTTGATTCTGATGGAGGCAATGAAACTACTAAGGGAAGTATGTGGGTTTTGGAGCAGAAGCTTGATCAGCCCATGGATGAGGAGGCTGGAAGGATTAAAAATATGTACAGAGAAAAGAAATTCTCGGCATTTTTGCTCCTAAGGCTTGCATTCCAGAGTCTGGGAGTGGTATATGGAGACTTGGGAACATCTCCCTTATATGTGTTCTATAACACTTTTCCTCGGGGAATTGAAGATCCGGAGGATGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057797021.1
MESGVDSDGGNETTKGSMWVLEQKLDQPMDEEAGRIKNMYREKKFSAFLLLRLAFQSLGVVYGDLGTSPLYVFYNTFPRGIEDPEDVVGALSLIIYSLTLIPLLKYVFIVCRANDNGQGGTLALYSLLCRHAKVKTIPNQHRTDEELTTYSRSTFHEHSLAAKTKRWLEAHTFRRKALLILVLVGNCMVIGDGILTPAISVLSASGGIKVDHPKMSSDVVVLVSVVILVCLFSVQHYGTDKVGWLFAPIVLLWFLMIGGI...
XP_057797022.1
MESGVDSDGGNETTKGSMWVLEQKLDQPMDEEAGRIKNMYREKKFSAFLLLRLAFQSLGVVYGDLGTSPLYVFYNTFPRGIEDPEDVVGALSLIIYSLTLIPLLKYVFIVCRANDNGQGGTLALYSLLCRHAKVKTIPNQHRTDEELTTYSRSTFHEHSLAAKTKRWLEAHTFRRKALLILVLVGNCMVIGDGILTPAISVLSASGGIKVDHPKMSSDVVVLVSVVILVCLFSVQHYGTDKVGWLFAPIVLLWFLMIGGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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