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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004310

染色体: Chr02 坐标: 65465767-65468126 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004310
名称SmilChr02G004310
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向65465767 - 65468126 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013052
GeneID131013052
locus_tag-
NCBI NameLOC131013052
原始查询SmilChr02G004310

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090
ArabidopsisAT4G20090 (EMB1025)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827754]
identity=58.8; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0499301
-
identity=41.6; qcov=0.77; evalue=4.6e-127; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013052

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057797036.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797036.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797036.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797036.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797036.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:65466378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B34,C26
Chr2:65466398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:65466811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:65466825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr2:65466892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:65466996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B114,B2,C54
Chr2:65467117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:65467212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B114,B2,C54
Chr2:65467216 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr2:65467216 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 C12
Chr2:65467218 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr2:65467218 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797036.1
631 aa
N
1
316
631
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
C
PF01535 PPR 92-113 aa PF13812 PPR_3 94-132 aa PF12854 PPR_1 154-185 aa PF13041 PPR_2 157-206 aa PF23276 TPR_24 158-251 aa PF01535 PPR 161-190 aa PF17177 PPR_long 166-316 aa PF13812 PPR_3 181-237 aa PF12854 PPR_1 189-221 aa PF01535 PPR 195-225 aa PF13041 PPR_2 199-241 aa PF12854 PPR_1 224-255 aa PF01535 PPR 231-260 aa PF13041 PPR_2 231-275 aa PF13812 PPR_3 250-310 aa PF12854 PPR_1 258-290 aa PF13041 PPR_2 262-311 aa PF23276 TPR_24 263-359 aa PF01535 PPR 265-293 aa PF01535 PPR 300-329 aa PF13041 PPR_2 300-345 aa PF13812 PPR_3 325-376 aa PF12854 PPR_1 328-360 aa PF13041 PPR_2 332-381 aa PF01535 PPR 336-365 aa PF23276 TPR_24 362-464 aa PF12854 PPR_1 363-395 aa PF13041 PPR_2 367-415 aa PF01535 PPR 370-400 aa PF13812 PPR_3 372-412 aa PF01535 PPR 406-434 aa PF13812 PPR_3 427-482 aa PF12854 PPR_1 433-463 aa PF13041 PPR_2 438-486 aa PF01535 PPR 440-469 aa PF12854 PPR_1 468-500 aa PF13041 PPR_2 472-501 aa PF01535 PPR 475-501 aa PF13812 PPR_3 503-548 aa PF12854 PPR_1 507-537 aa PF13041 PPR_2 509-556 aa PF23276 TPR_24 511-576 aa PF01535 PPR 512-542 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 92 113 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 94 132 1.2e-61 205.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 154 185 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 157 206 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 158 251 4.9e-35 121.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 161 190 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 166 316 1.3e-27 97.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057797036.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 181 237 1.2e-61 205.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 189 221 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 195 225 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 199 241 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 224 255 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 231 260 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 231 275 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 250 310 1.2e-61 205.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 258 290 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 262 311 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 263 359 4.9e-35 121.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 265 293 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 300 329 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 300 345 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 325 376 1.2e-61 205.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 328 360 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 332 381 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 336 365 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 362 464 4.9e-35 121.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 363 395 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 367 415 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 370 400 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 372 412 1.2e-61 205.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 406 434 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 427 482 1.2e-61 205.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 433 463 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 438 486 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 440 469 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 468 500 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 472 501 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 475 501 3.4e-100 322.3 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 503 548 1.2e-61 205.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797036.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 507 537 6.4e-126 410.4 PPR repeat
XP_057797036.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 509 556 6.5e-144 468.7 PPR repeat family
XP_057797036.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 511 576 4.9e-35 121.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057797036.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 512 542 3.4e-100 322.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941053.1
TTTTCTCCTATTTTTTCATCGTTCTCAATTTCTTCTGTATTAATTTGATTTTATTTATAATTAGAGTTCATTATATTCAATTAAAATTTATAGTAATTATTTTTAGTGAATGCGATTTGCGGCACACTAGTTTAATTTGAGTTGTGAGTTTCACATTCTAATTTCTATTATCAAAAATTCAAAATAGCCACAATCTTTTCCGTATTCGCACTTTTGACCCATTATATCTTACTATTTGAAAAACTTTTGAAATTTGCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013052
ATGCCCGTCGGAAAGTTGTTTACTTGGAAGCTCTTAACAAAACGCCGATTCCAAACTCATCGTTTATGCTCTGCTGCCAAGTCCTTGAATGACCCAATTTCCGACTCAATATTCAGCAACACGCACAAGTCGGGATCCTACACGCGGGGTGACTCCACCTTCTACTCCCTTATTCAACACCATGCTCACTCCGGTGATTTCAAGGCCTTGGAGATTATCTTTCAACGGATGAAGCGCGAAAACAGAGCCTTTTCCGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797036.1
MPVGKLFTWKLLTKRRFQTHRLCSAAKSLNDPISDSIFSNTHKSGSYTRGDSTFYSLIQHHAHSGDFKALEIIFQRMKRENRAFSEKIFILVFKAYGKARLHRKAVEVFDKMADEYSCVPTVKSFNSLLNVIIQQGLYRDALQFYDYVLSNKKHISPNGLTFNLVIKSLCRLGLVGRAVDVFREMPASNCKPDTYTYCTLMDGLCKEDRIDDAVALLDEMQIEGCDPTPPTFNVLINGLCKKGDLARAAKLIDNMFLKGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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