当前解析结果
SmilChr02G004314| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004314 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004314 |
| 描述 | plasma membrane-associated cation-binding protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 65475690 - 65477606 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013056 |
|---|---|
| GeneID | 131013056 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013056 |
| 原始查询 | SmilChr02G004314 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | plasma membrane-associated cation-binding protein 1 |
| 产物 | plasma membrane-associated cation-binding protein 1 |
| Arabidopsis | AT4G20260 (PCAP1)plasma-membrane associated cation-binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827773] identity=61.6; qcov=0.777; evalue=3.38e-48; confidence=medium |
| Rice | Os02g0285300 (OsDREPP2)- identity=49.5; qcov=0.989; evalue=4.63e-33; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05558 (DREPP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013056 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057797042.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057797042.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057797042.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797042.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797042.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:65475992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B68,B9,C29,C41,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797042.1PF05558
DREPP 3-182 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797042.1 |
Pfam | PF05558 |
DREPP | Family | 3 | 182 | 7.4e-73 | 245.6 | DREPP plasma membrane polypeptide |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。