当前解析结果
SmilChr02G004322| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004322 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004322 |
| 描述 | glutamyl-tRNA reductase-binding protein, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 65526925 - 65529366 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013066 |
|---|---|
| GeneID | 131013066 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013066 |
| 原始查询 | SmilChr02G004322 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutamyl-tRNA reductase-binding protein, chloroplastic |
| 产物 | glutamyl-tRNA reductase-binding protein%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT3G21200 (PGR7)proton gradient regulation 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821673] identity=55.1; qcov=0.988; evalue=1.06e-118; confidence=high |
| Rice | Os08g0254900- identity=53.1; qcov=0.772; evalue=7.64e-88; confidence=high |
| GO | GO:0009507 (chloroplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10615 (DUF2470) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013066 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057797050.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057797050.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797050.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797050.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797050.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:65527231 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr2:65527995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B138,B16,C64,C66 |
Chr2:65528179 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B57,B93,C67,D10 |
Chr2:65528200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,C47,D6 |
Chr2:65529019 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr2:65529058 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,C75,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797050.1PF10615
DUF2470 219-291 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797050.1 |
Pfam | PF10615 |
DUF2470 | Domain | 219 | 291 | 5.3e-11 | 43.6 | Domain of unknown function (DUF2470) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。