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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004332`

染色体: Chr02 坐标: 65590789-65592409 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004332`
名称	SmilChr02G004332
描述	RING-H2 finger protein ATL60-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	65590789 - 65592409 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013077`
GeneID	`131013077`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013077`
原始查询	`SmilChr02G004332`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL60-like
产物	RING-H2 finger protein ATL60-like
Arabidopsis	`AT1G72310` (ATL3) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843563] identity=35.8; qcov=1.12; evalue=2.05e-43; confidence=medium
Rice	`Os06g0192800` - identity=50; qcov=0.537; evalue=7.15e-31; confidence=medium
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013077

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057797063.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057797063.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057797063.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057797063.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057797063.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:65591389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:65591506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr2:65591516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:65591520`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B98
`Chr2:65591520`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B98
`Chr2:65591521`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B98
`Chr2:65591521`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B98
`Chr2:65591540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,C16,D5
`Chr2:65591620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B118,B81,C26
`Chr2:65591722`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,C58,C84
`Chr2:65591862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B118,B81,C26
`Chr2:65591955`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B16,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797063.1

216 aa

108

216

zf-RING_11

zf-RING_2

PF17123 zf-RING_11 105-134 aa PF13639 zf-RING_2 105-148 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797063.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	105	134	7.9e-09	35.8	RING-like zinc finger
`XP_057797063.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	105	148	7e-13	49.3	Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941080.1
AATCAAAATCAAAATCAAAATAAAAGTCAAAAAGTAGTTGCTACCCTCCAAAACTCAAGCCATAATACTAGTCAATACAACGACTTGATGAACTACAATCCAAGTTAATTTTGATCCCTCCGCCGTCTTCCGCCCAACGCCGCCGTCTCAGTTTTCACTTTCCCCGTGAAACCGTTGACCGCTCCTTCTTGCTACATTGCATCTCCCCATTTTAAGGTCGTTTTCTCACTTCCCACATAGACCACAATCTCATGTTTAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013077
ATGGGAGACTCTTCATCAAGAAAAGCAGGTGATCATGTAGTTGAGCTGGCAGGGAAAGTAATGGTGGTGGGAATCATCCTCCTCTTCTTCGTTGTAATCTTTTTCATCTGCCTCCACCTCTACTTCAAATGGTTCTATCTCCACCGTCAGCAAACCACCACCGCCATCAGGCGGCGCCGTCGCCGCCTCGATTTCGCGGCTGGACACCAAGAAATAACAGCCATTCCCACCTCCCGCGTTGGCCTAGAACCCTCCGTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797063.1
MGDSSSRKAGDHVVELAGKVMVVGIILLFFVVIFFICLHLYFKWFYLHRQQTTTAIRRRRRRLDFAAGHQEITAIPTSRVGLEPSVLKSIPVVEFDPKEFKDGLECAVCLCEVCEGEKARILPKCSHGFHVECIDMWFESHATCPLCRNSVSDEKPSDSDDQDRASSDGPNLPTNVLFWGDDTRVNAFGACVEEDHLAQPSTSAAAGMVVIDVPLQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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