Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004345`

染色体: Chr02 坐标: 65735173-65737350 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004345`
名称	SmilChr02G004345
描述	dormancy-associated protein homolog 4-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	65735173 - 65737350 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013092`
GeneID	`131013092`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013092`
原始查询	`SmilChr02G004345`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dormancy-associated protein homolog 4-like
产物	dormancy-associated protein homolog 4-like
Arabidopsis	`AT1G54070` (AT1G54070) Dormancy/auxin associated family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841845] identity=44.1; qcov=1.01; evalue=1.42e-21; confidence=medium
Rice	`Os09g0437500` - identity=45.2; qcov=1.09; evalue=4.09e-16; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013092

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057797080.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057797080.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057797081.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057797081.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797080.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:65735747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B74,B96,C87
`Chr2:65736145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C1,C82,D10
`Chr2:65736220`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B13,B131,B45,B53,C48
`Chr2:65736220`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B13,B131,B45,B53,C48
`Chr2:65736256`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	16	A1,A13,A5,B111,B113,B117,B66,B74,B98,C10,C27,C4,C53,C81,C83,C86
`Chr2:65736286`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941097.1
ACACTCGAGTGGGAGGAGGTTGCAGCGGGGCACCCATTGGGGGTGCTCTCTTAAAAAGATACTGTAAATAAAAATAAAAACTGCAGTTAAATAGAGAATACTATTGTTAGCTTATTCAAGCCATATCATCTCTCAAAGAAGCCATAAGATAAAAGTCACCTAACTTTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTATAAATTACCTACACCCCCAACTCCCACTCCCATTCCCACTCCCACAGTCCCACTCATTTCTCATTT...

XM_057941098.1
ACACTCGAGTGGGAGGAGGTTGCAGCGGGGCACCCATTGGGGGTGCTCTCTTAAAAAGATACTGTAAATAAAAATAAAAACTGCAGTTAAATAGAGAATACTATTGTTAGCTTATTCAAGCCATATCATCTCTCAAAGAAGCCATAAGATAAAAGTCACCTAACTTTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTATAAATTACCTACACCCCCAACTCCCACTCCCATTCCCACTCCCACAGTCCCACTCATTTCTCATTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131013092
ATGGGACTTCTCGACAAGCTATGGGATGAAACTCTAGCTGGTCCAACGCCGGACTCCGGCCTCGGGAAACTCCGCAAATACAACTCTTTCTCCGCCAGATCTGCCTCCGCACCGCCGCCGGATCTGGTTCCTCCGCCCCCGATCAACAAGGTTTCTCCGAGCATCCCCGTTCCTCGAAGTGATATTGCTAATTATCGTAATCTTACTGTTTCCGTCGACTCGCCGCCGCTCCCGTCGTCTCCGTCGTGCTCTGCCACTCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057797080.1
MGLLDKLWDETLAGPTPDSGLGKLRKYNSFSARSASAPPPDLVPPPPINKVSPSIPVPRSDIANYRNLTVSVDSPPLPSSPSCSATPTSPFTPNTPGGSFKKLTRRKSATAALPNSVAKSPTGYDWWVFFYTFDFRCTLLSFLLISPSKFNPNSLCLIYQ

XP_057797081.1
MGLLDKLWDETLAGPTPDSGLGKLRKYNSFSARSASAPPPDLVPPPPINKVSPSIPVPRSDIANYRNLTVSVDSPPLPSSPSCSATPTSPFTPNTPGGSFKKLTRRKSATAALPNSVAKSPTGYDWIVLSALDR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器