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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004349

染色体: Chr02 坐标: 65757797-65760619 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004349
名称SmilChr02G004349
描述uncharacterized SmilChr02G004349
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向65757797 - 65760619 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013097
GeneID131013097
locus_tag-
NCBI NameLOC131013097
原始查询SmilChr02G004349

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AT3G14170; symbol=AT3G14170; hit=AT3G14170; species=arabidopsis; confidence=high
产物AT3G14170; symbol=AT3G14170; hit=AT3G14170; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G14170 (AT3G14170)
-
identity=47.3; qcov=1.03; evalue=4.11e-146; confidence=high
RiceOs03g0181800
-
identity=54.8; qcov=0.431; evalue=1.26e-69; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF06075 (CORD_N); PF21647 (CORD_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013097

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797085.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057797090.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797085.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797085.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797085.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:65758817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,B7
Chr2:65758820 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B22
Chr2:65758820 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B22
Chr2:65758872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B43
Chr2:65758934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:65759018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr2:65759024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr2:65759078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:65759144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B86
Chr2:65759472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr2:65759534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:65759646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797085.1
528 aa
N
1
264
528
CORD_N
CORD_C
C
PF06075 CORD_N 4-119 aa PF21647 CORD_C 374-524 aa
XP_057797086.1
528 aa
N
1
264
528
CORD_N
CORD_C
C
PF06075 CORD_N 4-119 aa PF21647 CORD_C 374-524 aa
XP_057797087.1
528 aa
N
1
264
528
CORD_N
CORD_C
C
PF06075 CORD_N 4-119 aa PF21647 CORD_C 374-524 aa
XP_057797089.1
528 aa
N
1
264
528
CORD_N
CORD_C
C
PF06075 CORD_N 4-119 aa PF21647 CORD_C 374-524 aa
XP_057797090.1
503 aa
N
1
252
503
CORD_N
CORD_C
CORD_C
C
PF06075 CORD_N 4-119 aa PF21647 CORD_C 250-334 aa PF21647 CORD_C 349-499 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797085.1 Pfam PF06075 CORD_N Domain 4 119 8.1e-51 171.6 CORD, N-terminal domain
XP_057797085.1 Pfam PF21647 CORD_C Domain 374 524 1e-27 98.4 CORD, C-terminal domain
XP_057797086.1 Pfam PF06075 CORD_N Domain 4 119 8.1e-51 171.6 CORD, N-terminal domain
XP_057797086.1 Pfam PF21647 CORD_C Domain 374 524 1e-27 98.4 CORD, C-terminal domain
XP_057797087.1 Pfam PF06075 CORD_N Domain 4 119 8.1e-51 171.6 CORD, N-terminal domain
XP_057797087.1 Pfam PF21647 CORD_C Domain 374 524 1e-27 98.4 CORD, C-terminal domain
XP_057797089.1 Pfam PF06075 CORD_N Domain 4 119 8.1e-51 171.6 CORD, N-terminal domain
XP_057797089.1 Pfam PF21647 CORD_C Domain 374 524 1e-27 98.4 CORD, C-terminal domain
XP_057797090.1 Pfam PF06075 CORD_N Domain 4 119 8.4e-51 171.5 CORD, N-terminal domain
XP_057797090.1 Pfam PF21647 CORD_C Domain 250 334 5.7e-44 151.8 CORD, C-terminal domain
XP_057797090.1 Pfam PF21647 CORD_C Domain 349 499 5.7e-44 151.8 CORD, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941106.1
TATAAAGTATAATAATGCATGGGATACACCTAAACCATGTTATACTAAGAAGGAAAATACGACGACTTTTTAAGTATTCAAACATCATCATGAGCAAATGATACATATATTTGAGTTTAAACAATACTGTCTTGGCCGCAGAAACGAGAACAGAACAATGACAAGGTTGGTGTATCCAATCTTTTGAAAGCTGGTTATAAAATCCAATCAATCATGTCGTGGGTTTCTGATAGCCTAAGATATTATAATTACTCTCGAGT...
XM_057941102.1
CATCATGAGCAAATGATACATATATTTGAGTTTAAACAATACTGTCTTGGCCGCAGAAACGAGAACAGAACAATGACAAGGTTGGTGTATCCAATCTTTTGAAAGCTGGTTATAAAATCCAATCAATCATGTCGTGGGTTTCTGATAGCCTAAGATATTATAATTACTCTCGAGTTTTGACAATTAATTAAGCCACTCCTCCTTGATCGAAAAGGAAAGGGAACCAAGCTGTGATAGTGAAGGGCAAAATCGTAAATTGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131013097
ATGGCATCTCTAGTGCCAGGAGTGCTAATGAAGCTCCTCCAAAGCATAAACTCCAACCTAAAAGTTCGAGGGGAGTATCGATCAGCTCTGCTGCAGGTGATCAGCATAGTTCCCGCCATCTCCGGGTCGGAGCTGTGGCCGGATCACGGCTTCTTCATCAAGGTCTCGGATTCCTCCCATTCAACATACGTGTCTCTCTCCAAGGCAGACACCGATCTCATCCTCAACAACAAGCTGCAGTTAGGCCAGTTCTTCTACGT...
LOC131013097
ATGGCATCTCTAGTGCCAGGAGTGCTAATGAAGCTCCTCCAAAGCATAAACTCCAACCTAAAAGTTCGAGGGGAGTATCGATCAGCTCTGCTGCAGGTGATCAGCATAGTTCCCGCCATCTCCGGGTCGGAGCTGTGGCCGGATCACGGCTTCTTCATCAAGGTCTCGGATTCCTCCCATTCAACATACGTGTCTCTCTCCAAGGCAGACACCGATCTCATCCTCAACAACAAGCTGCAGTTAGGCCAGTTCTTCTACGT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057797085.1
MASLVPGVLMKLLQSINSNLKVRGEYRSALLQVISIVPAISGSELWPDHGFFIKVSDSSHSTYVSLSKADTDLILNNKLQLGQFFYVDKMEAGTPVPTLVGVRPVPGRHPFVGNPKDLMQLLEGGNENVEGKLNENEMVVEAKGESGKKRIVIKEEKSGVASRYMQAVVKHKAQGKEMDGKENESESGGLAKKVASLRSMHTNIETRESSPEGSAKKSETQVANSKILTAKSSDKQELICLMNGKNKKQECGEAIISWCN...
XP_057797086.1
MASLVPGVLMKLLQSINSNLKVRGEYRSALLQVISIVPAISGSELWPDHGFFIKVSDSSHSTYVSLSKADTDLILNNKLQLGQFFYVDKMEAGTPVPTLVGVRPVPGRHPFVGNPKDLMQLLEGGNENVEGKLNENEMVVEAKGESGKKRIVIKEEKSGVASRYMQAVVKHKAQGKEMDGKENESESGGLAKKVASLRSMHTNIETRESSPEGSAKKSETQVANSKILTAKSSDKQELICLMNGKNKKQECGEAIISWCN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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