当前解析结果
SmilChr02G004362| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004362 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004362 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G004362 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 65908454 - 65910029 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013108 |
|---|---|
| GeneID | 131013108 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013108 |
| 原始查询 | SmilChr02G004362 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843583]; symbol=AT1G72510; hit=AT1G72510; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843583]; symbol=AT1G72510; hit=AT1G72510; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G72510 (AT1G72510)DUF1677 family protein (DUF1677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843583] identity=51.8; qcov=0.994; evalue=4.85e-50; confidence=medium |
| Rice | Os02g0229900- identity=40; qcov=0.749; evalue=2.17e-22; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07911 (DUF1677) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013108 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057797106.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057797106.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057797106.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797106.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797106.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:65909041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr2:65909109 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A20 |
Chr2:65909126 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B95 |
Chr2:65909126 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B95 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797106.1PF07911
DUF1677 29-122 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797106.1 |
Pfam | PF07911 |
DUF1677 | Family | 29 | 122 | 6.1e-37 | 126.7 | Protein of unknown function (DUF1677) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。