当前解析结果
SmilChr02G004372| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004372 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004372 |
| 描述 | auxin-binding protein ABP19a-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 66071276 - 66072365 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013116 |
|---|---|
| GeneID | 131013116 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013116 |
| 原始查询 | SmilChr02G004372 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-binding protein ABP19a-like |
| 产物 | auxin-binding protein ABP19a-like |
| Arabidopsis | AT5G20630 (GER3)germin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832185] identity=65.6; qcov=0.865; evalue=1.81e-91; confidence=high |
| Rice | Os08g0460000 (OsGLP1)- identity=66.3; qcov=0.776; evalue=5.65e-88; confidence=high |
| GO | GO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013116 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057797112.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797112.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797112.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797112.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797112.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:66071502 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr2:66071956 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797112.1PF00190
Cupin_1 90-235 aa
PF07883
Cupin_2 125-195 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797112.1 |
Pfam | PF00190 |
Cupin_1 | Domain | 90 | 235 | 2.7e-36 | 125.1 | Cupin |
XP_057797112.1 |
Pfam | PF07883 |
Cupin_2 | Domain | 125 | 195 | 3.3e-07 | 30.6 | Cupin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。