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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004372

染色体: Chr02 坐标: 66071276-66072365 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004372
名称SmilChr02G004372
描述auxin-binding protein ABP19a-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66071276 - 66072365 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013116
GeneID131013116
locus_tag-
NCBI NameLOC131013116
原始查询SmilChr02G004372

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-binding protein ABP19a-like
产物auxin-binding protein ABP19a-like
ArabidopsisAT5G20630 (GER3)
germin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832185]
identity=65.6; qcov=0.865; evalue=1.81e-91; confidence=high
RiceOs08g0460000 (OsGLP1)
-
identity=66.3; qcov=0.776; evalue=5.65e-88; confidence=high
GOGO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding)
KEGG-
PfamPF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013116

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057797112.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797112.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797112.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797112.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797112.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66071502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:66071956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797112.1
245 aa
N
1
122
245
Cupin_1
Cupin_2
C
PF00190 Cupin_1 90-235 aa PF07883 Cupin_2 125-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797112.1 Pfam PF00190 Cupin_1 Domain 90 235 2.7e-36 125.1 Cupin
XP_057797112.1 Pfam PF07883 Cupin_2 Domain 125 195 3.3e-07 30.6 Cupin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941129.1
AACTTTAGTTTAAAGTGAGTCGCCAAATTCGTGACTTAAATAGCTGAGTATATTCGAATACACTCTACGTAACTACGGAACACAATTACGAACATTCGAAAAAGAAACGATATCTCTTAAATTTGTCTAATGGAAAAAAAATACAAGAAAAGAGAATTTGTGTCCGTATTTGATCAATCCAGAGTTGATCTTCTTCACATAAACAACATGTGGCTATGGTTGCACTTCCATTAATCGAAAAAGTGCTCCAACTCTGTCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013116
ATGGTTGCACTTCCATTAATCGAAAAAGTGCTCCAACTCTGTCTATATAAATTAATATGGTCTGCCTGCATTTGCAAACCAACCATAAACATCAAAATGCAGAAGCTAACAGCATTGTTCCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCCTCCTCACCTCCCATGCATCCGTGCAGGACTTCTGCGTGGCCGACCTCACCCTCCCGCCCGGCCCCGCCGGCTACTCCTGCAAGAGCGCCGCCAACGTCACCACCGCCGACTTCGTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797112.1
MVALPLIEKVLQLCLYKLIWSACICKPTINIKMQKLTALFLSLSLSLLLTSHASVQDFCVADLTLPPGPAGYSCKSAANVTTADFVFTGLRKGGNTTNIISAAVTPAFDAQYPGLNGLGLSIARLDLAPGGVVPFHTHPGASELLLVVKGTIVAGFVSSFANQVYVKKLVKGDLMVFPQGLLHFQINGGGRKAVAFASFGSANPGLQITDFALFANDLPSMLVEKTTFLDDAQVKKLKSVLGGTG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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