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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004397

染色体: Chr02 坐标: 66326188-66327944 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004397
名称SmilChr02G004397
描述transcription factor MYB26-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66326188 - 66327944 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013146
GeneID131013146
locus_tag-
NCBI NameLOC131013146
原始查询SmilChr02G004397

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB26-like
产物transcription factor MYB26-like
ArabidopsisAT3G13890 (MYB26)
myb domain protein 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820602]
identity=60.7; qcov=0.622; evalue=2.3e-73; confidence=high
RiceOs01g0709000
-
identity=72.6; qcov=0.476; evalue=1.8e-73; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013146

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797163.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797163.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797163.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797163.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057797163.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66326467 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 14 A6,B124,B128,B19,B5,B6,B60,B65,B75,B86,B99,C28,C63,D2
Chr2:66326478 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 21 A10,A23,A6,B124,B128,B19,B5,B6,B60,B65,B75,B86,B99,C10,C2,C28,C32,C63,C68,C81,D2
Chr2:66326610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr2:66327320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C45
Chr2:66327591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr2:66327727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797163.1
307 aa
N
1
154
307
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 45-92 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 48-105 aa PF00249 Myb_DNA-binding 98-141 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 101-146 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797163.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 45 92 4.1e-34 117.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057797163.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 48 105 5.2e-20 72.1 Myb-like DNA-binding domain
XP_057797163.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 98 141 4.1e-34 117.2 Myb-like DNA-binding domain
XP_057797163.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 101 146 5.2e-20 72.1 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941180.1
CGTAGGCGTTGCAGAATGAGAAGGGCCCTCTTAGAGACATCACGATGTTCTGAGGCCAGATTGTGTCAGAGACGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAATGGGACATCACCACACATGCTGCAACAGACAGAAAGTGAAGAGGGGTTTGTGGTCGCCTGAGGAAGATGAGAAGCTCATGAACTACATTTCCACCTTCGGCCATGGCTGCTGGAGCTCAGTCCCTAGGCTTGCTGGGCTTCGGAGATGTGGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013146
ATGAGAAGGGCCCTCTTAGAGACATCACGATGTTCTGAGGCCAGATTGTGTCAGAGACGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAATGGGACATCACCACACATGCTGCAACAGACAGAAAGTGAAGAGGGGTTTGTGGTCGCCTGAGGAAGATGAGAAGCTCATGAACTACATTTCCACCTTCGGCCATGGCTGCTGGAGCTCAGTCCCTAGGCTTGCTGGGCTTCGGAGATGTGGGAAGAGCTGCAGATTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797163.1
MRRALLETSRCSEARLCQRRRERERERERGMGHHHTCCNRQKVKRGLWSPEEDEKLMNYISTFGHGCWSSVPRLAGLRRCGKSCRLRWINYLRPDLKRGSFSRQEATIIVELHKVLGNKWAQIAKHLPGRTDNEVKNFWNSSVKKKFVSANANHHSLSENVNLGGGGSSSSETSILMNNFIPNRRIPLIQPFQSYPLMQPFSLAPQSFPYLNSLLMAGDLQPPSCNNCPIFDINSASAQPPFFEDIAGIDASFMAAPPSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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