Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004401`

染色体: Chr02 坐标: 66348931-66350338 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004401`
名称	SmilChr02G004401
描述	protein SQS1
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	66348931 - 66350338 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013150`
GeneID	`131013150`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013150`
原始查询	`SmilChr02G004401`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SQS1
产物	protein SQS1
Arabidopsis	`AT3G13780` (AT3G13780) SMAD/FHA domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820588] identity=34.7; qcov=0.814; evalue=1.36e-34; confidence=low
Rice	`Os06g0565300` - identity=50.6; qcov=0.282; evalue=1.96e-15; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797169.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797169.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797169.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797169.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057797169.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:66349180`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	C10,C81
`Chr2:66349180`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	C10,C81
`Chr2:66349278`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C36
`Chr2:66349278`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C36
`Chr2:66349327`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B109,B34,C2,C68
`Chr2:66349570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr2:66349795`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B120
`Chr2:66349795`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B120
`Chr2:66350057`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr2:66350111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr2:66350140`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C10,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941187.1
AAAGCATAATTTTATTTGAAAAGACATTCCTGCCCTCAATGTAAACTTTTTGTCGCTGAACGGATTCATCAAGAAATCAGAATCTCAGCGCTTTTTCTTCAGGCTTCAATGGAAGTCGTAACCGAAAACGAAGCCCCGACCCGAATCCGACCGGGTCAAAGCAACGAAATCGGGCGGGTACGCGGCCTCGATTCCTCGGACAAGACAATCTCTCGGCGCCACCTATCGCTCTCTGTCGCCGGAGCCATGAACGACGAAGA...

XM_057941186.1
AAAGCATAATTTTATTTGAAAAGACATTCCTGCCCTCAATGTAAACTTTTTGTCGCTGAACGGATTCATCAAGAAATCAGAATCTCAGCGCTTTTTCTTCAGGCTTCAATGGAAGTCGTAACCGAAAACGAAGCCCCGACCCGAATCCGACCGGGTCAAAGCAACGAAATCGGGCGGGTACGCGGCCTCGATTCCTCGGACAAGACAATCTCTCGGCGCCACCTATCGCTCTCTGTCGCCGGAGCCATGAACGACGAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131013150
ATGGAAGTCGTAACCGAAAACGAAGCCCCGACCCGAATCCGACCGGGTCAAAGCAACGAAATCGGGCGGGTACGCGGCCTCGATTCCTCGGACAAGACAATCTCTCGGCGCCACCTATCGCTCTCTGTCGCCGGAGCCATGAACGACGAAGAAACCCGCCTGCAATTCGAAGTCCTCGGAAGAAATCCGATCTACGTACACAGAGATAACGAACTCAAGATTTTCCGGAGGTTCGAAAAGGGCGAGATGAGAAATGGCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057797169.1
MEVVTENEAPTRIRPGQSNEIGRVRGLDSSDKTISRRHLSLSVAGAMNDEETRLQFEVLGRNPIYVHRDNELKIFRRFEKGEMRNGDMLCVSGKNPVWYSVRRIEDGEEGVRRNVAESELAGEMESDFGFKGVDDLDQVGFDISCLDPVKEFGFVVEGHEFDTYPKKMMRDMKNWDWFLEEEGGNGEDDEGKKVKGKRKRGGENDDDDDEWSGESEDERVLIDKSKKVARAKYVTRSKDHGKPSKMSSRRTENRVVDDED...

XP_057797170.1
MEVVTENEAPTRIRPGQSNEIGRVRGLDSSDKTISRRHLSLSVAGAMNDEETRLQFEVLGRNPIYVHRDNELKIFRRFEKGEMRNGDMLCVSGKNPVWYSVRRIEDGEEGVRRNVAESELAGEMESDFGFKGVDDLDQVGFDISCLDPVKGHEFDTYPKKMMRDMKNWDWFLEEEGGNGEDDEGKKVKGKRKRGGENDDDDDEWSGESEDERVLIDKSKKVARAKYVTRSKDHGKPSKMSSRRTENRVVDDEDEDDEDED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器