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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004414

染色体: Chr02 坐标: 66486928-66491675 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004414
名称SmilChr02G004414
描述inactive protein kinase SELMODRAFT_444075-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66486928 - 66491675 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013163
GeneID131013163
locus_tag-
NCBI NameLOC131013163
原始查询SmilChr02G004414

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inactive protein kinase SELMODRAFT_444075-like
产物inactive protein kinase SELMODRAFT_444075-like
ArabidopsisAT3G13690 (AT3G13690)
kinase with adenine nucleotide alpha hydrolases-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820578]
identity=66.9; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0602800 (OsRLCK42)
-
identity=62.5; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013163

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797186.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057797186.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797186.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797186.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797186.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66487125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:66487304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B129,C80
Chr2:66487406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C31,C86
Chr2:66487758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B56,B96,C20
Chr2:66487922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B35,B78,C27,C8
Chr2:66488006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:66488021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B130,B36,B82,B86
Chr2:66488171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:66488217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B130,B36,B86
Chr2:66488241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B118,B78,C27,C8
Chr2:66488444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B137,C37
Chr2:66488475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B118,B78,C27,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797186.1
693 aa
N
1
346
693
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 395-658 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 395-658 aa
XP_057797188.1
693 aa
N
1
346
693
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 395-658 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 395-658 aa
XP_057797189.1
693 aa
N
1
346
693
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 395-658 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 395-658 aa
XP_057797190.1
693 aa
N
1
346
693
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 395-658 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 395-658 aa
XP_057797191.1
693 aa
N
1
346
693
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 395-658 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 395-658 aa
XP_057797192.1
693 aa
N
1
346
693
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 395-658 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 395-658 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797186.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 395 658 8.6e-39 134.2 Protein kinase domain
XP_057797186.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 395 658 2.1e-40 139.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797188.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 395 658 8.6e-39 134.2 Protein kinase domain
XP_057797188.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 395 658 2.1e-40 139.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797189.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 395 658 8.6e-39 134.2 Protein kinase domain
XP_057797189.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 395 658 2.1e-40 139.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797190.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 395 658 8.6e-39 134.2 Protein kinase domain
XP_057797190.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 395 658 2.1e-40 139.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797191.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 395 658 8.6e-39 134.2 Protein kinase domain
XP_057797191.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 395 658 2.1e-40 139.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797192.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 395 658 8.6e-39 134.2 Protein kinase domain
XP_057797192.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 395 658 2.1e-40 139.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941206.1
TCAGATAATAATAAAATTTTATTATTTTTATTTTCTTCTCAAGGATAACAAGAAATATTATGGATATAATGAAACTGCAGAGAAACACTCTCGAGAAGAAGAACATTGAGAGCGACGTTGTCTGTAAACAGTAAAAATCAGTTAAAAGAAGAGGCAGAGTTGAAATGACATGGTTAAGATTTGGGCTTTTGTTAGAGAAGATTGTGTGCTTTGGATGGTGAATGATTCACCAACTATTGCTGCTGAGGACTTTCTATTCT...
XM_057941209.1
TATGGATATAATGAAACTGCAGAGAAACACTCTCGAGAAGAAGAACATTGAGAGCGACGTTGTCTGTAAACAGTAAAAATCAGTTAAAAGAAGAGGCAGAGTTTGCTTTGGATGGTGAATGATTCACCAACTATTGCTGCTGAGGACTTTCTATTCTCCTTGAAAAAGAATCAATTCTTGATTGGAAGGGCGTTTAGTTTCAATAGATCCATCACTACTTTTGTTGTGTGGTTGGAGGCATAACAATGAACATGATAGAT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131013163
ATGAGTCGAGAGATGGGAGGGAAACAGGACAAGGTTTCTGAGGTGGCCAAAGTTCTGGTGGCTGTGAAGGCAGCAAAGGAGATTCCTAGGACTGCTTTAATTTGGGCACTGACTCATGTTGTTCAGCCCGGAGACTGCATTACCCTTCTTGTGTTCGCCTCTTCACAGACTAGTGGTCTATTTTGGGGATTCCCAAGATTTCGTGGCGACTGTGCCAGTCGCCACCGGAGGTCACAGTCAACTGCAAACGCAGAAGAGAT...
LOC131013163
ATGAGTCGAGAGATGGGAGGGAAACAGGACAAGGTTTCTGAGGTGGCCAAAGTTCTGGTGGCTGTGAAGGCAGCAAAGGAGATTCCTAGGACTGCTTTAATTTGGGCACTGACTCATGTTGTTCAGCCCGGAGACTGCATTACCCTTCTTGTGTTCGCCTCTTCACAGACTAGTGGTCTATTTTGGGGATTCCCAAGATTTCGTGGCGACTGTGCCAGTCGCCACCGGAGGTCACAGTCAACTGCAAACGCAGAAGAGAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057797186.1
MSREMGGKQDKVSEVAKVLVAVKAAKEIPRTALIWALTHVVQPGDCITLLVFASSQTSGLFWGFPRFRGDCASRHRRSQSTANAEEISEIHDSCTRMILQLHDVYDPKTIDINIKIASDLPCGAVAAEAKTTQASWVVLDRQLNHEKKHCMEQLQCNIVVMKNSQPKVLRLNLVGSAARKSEAMGSNNDQPSREKESKTDSLSPPRAHLVTPSSSPETFTITEAGTSSISDSDLGNSPFCVPTKKKTPKKARRLEIKQDL...
XP_057797188.1
MSREMGGKQDKVSEVAKVLVAVKAAKEIPRTALIWALTHVVQPGDCITLLVFASSQTSGLFWGFPRFRGDCASRHRRSQSTANAEEISEIHDSCTRMILQLHDVYDPKTIDINIKIASDLPCGAVAAEAKTTQASWVVLDRQLNHEKKHCMEQLQCNIVVMKNSQPKVLRLNLVGSAARKSEAMGSNNDQPSREKESKTDSLSPPRAHLVTPSSSPETFTITEAGTSSISDSDLGNSPFCVPTKKKTPKKARRLEIKQDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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