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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004423

染色体: Chr02 坐标: 66565488-66567900 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004423
名称SmilChr02G004423
描述protein CHUP1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66565488 - 66567900 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013174
GeneID131013174
locus_tag-
NCBI NameLOC131013174
原始查询SmilChr02G004423

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CHUP1, chloroplastic-like
产物protein CHUP1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G52080 (AR791)
actin binding protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841637]
identity=37.6; qcov=0.749; evalue=3.56e-69; confidence=medium
RiceOs05g0185800 (OJ1111_A10.14)
-
identity=38.6; qcov=0.715; evalue=4.54e-56; confidence=medium
GOGO:0009658 (chloroplast organization); GO:0009707 (chloroplast outer membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057797208.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057797208.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797208.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797208.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797208.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66565693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr2:66565801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:66566003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:66566240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr2:66566315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:66566327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B137
Chr2:66566598 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B124
Chr2:66566598 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B124
Chr2:66566606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B103,B127,B20,B54
Chr2:66566781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B43,B54,B60
Chr2:66566783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B43,B54,B60
Chr2:66566861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,C35,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941225.1
AGAGAACAACTGAAGAGAAACCAAAAATAATCATTAAAAAGAGAAAACAACAACATAATCTCAAGCGGGACACCAACAACCCATAATTCCGACAGACCTCCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCGATATATTGATCACAATCAGTCAGAGGGAAAAATTTATGAGAGAGGTGGACATGATGGAGAAGAGGGTAAATCATGATATTTGATTTGTTTCCCTATATGTATTTTCTTTTGTTTTCTTTTTTGATTGAAAATGGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013174
ATGGAAGTCAAAGAATCAAAGGAGATTGCCACAAACTTGAAATTTGGATTGACTGTGGCTTTATCTCTCGGTGGGGCTCTTTATACCTATCATAGAATTAAAAATATCAAAGTTCCTCCAGGGCATGGTAGAAATGTGGATTCAAGAAATGAAAATGGCGAGATCAAGAACGATGATCGTGCATTAGAGAATGGAACACACAGAAGAGTCCTCTCCCAGAATTCGGTGAGCGACGTTTCATCAAGCAGCAGGCGCAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797208.1
MEVKESKEIATNLKFGLTVALSLGGALYTYHRIKNIKVPPGHGRNVDSRNENGEIKNDDRALENGTHRRVLSQNSVSDVSSSSRRSVERERECFLLPEYNDDDLCPKKCADEEEHEREIRRLRNRVKILEEKERNLELQLLEYYGIKEQETAVIELQNRLRLNTMEAKLYNLKIESLLLDNRRLEAQAADHANASAELEAAKGKIKMLRKKLKSEADKNKEQIMKLQEKQSAEVDQELKLQLEEACELKLELEEMKKCNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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