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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004435

染色体: Chr02 坐标: 66741004-66745167 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004435
名称SmilChr02G004435
描述ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66741004 - 66745167 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013187
GeneID131013187
locus_tag-
NCBI NameLOC131013187
原始查询SmilChr02G004435

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
产物ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
ArabidopsisAT3G18670 (AT3G18670)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821398]
identity=28.4; qcov=0.934; evalue=1.45e-57; confidence=low
RiceOs11g0251400
-
identity=22.5; qcov=0.785; evalue=2.52e-13; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF12796 (Ank_2); PF13637 (Ank_4); PF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797232.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797232.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797232.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797232.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797232.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66741138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr2:66741148 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C75
Chr2:66741148 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C75
Chr2:66741339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C28,C36,C74
Chr2:66741423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B4,C8,D3
Chr2:66741690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C35
Chr2:66741698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B72,D9
Chr2:66741700 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B130,C35
Chr2:66741700 T TAG 2bp_insertion CDS_variant 2 B130,C35
Chr2:66741702 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B130,C35
Chr2:66741702 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 B130,C35
Chr2:66741705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797232.1
604 aa
N
1
302
604
Ank_2
Ank_4
Ank_2
Ank_4
PGG
C
PF12796 Ank_2 83-168 aa PF13637 Ank_4 116-164 aa PF12796 Ank_2 116-201 aa PF13637 Ank_4 151-201 aa PF13962 PGG 442-551 aa
XP_057797233.1
603 aa
N
1
302
603
Ank_2
Ank_4
Ank_2
Ank_4
PGG
C
PF12796 Ank_2 82-167 aa PF13637 Ank_4 115-163 aa PF12796 Ank_2 115-200 aa PF13637 Ank_4 150-200 aa PF13962 PGG 441-550 aa
XP_057797234.1
577 aa
N
1
288
577
Ank_2
Ank_4
Ank_2
Ank_4
PGG
C
PF12796 Ank_2 56-141 aa PF13637 Ank_4 89-137 aa PF12796 Ank_2 89-174 aa PF13637 Ank_4 124-174 aa PF13962 PGG 415-524 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797232.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 83 168 1.1e-23 84.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057797232.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 116 164 1.6e-13 51.2 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057797232.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 116 201 1.1e-23 84.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057797232.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 151 201 1.6e-13 51.2 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057797232.1 Pfam PF13962 PGG Domain 442 551 1.9e-18 67.0 Domain of unknown function
XP_057797233.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 82 167 1.7e-23 83.7 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057797233.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 115 163 1.6e-13 51.2 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057797233.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 115 200 1.7e-23 83.7 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057797233.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 150 200 1.6e-13 51.2 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057797233.1 Pfam PF13962 PGG Domain 441 550 1.9e-18 67.0 Domain of unknown function
XP_057797234.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 56 141 1.2e-23 84.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057797234.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 89 137 1.2e-13 51.6 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057797234.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 89 174 1.2e-23 84.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057797234.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 124 174 1.2e-13 51.6 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057797234.1 Pfam PF13962 PGG Domain 415 524 1.8e-18 67.2 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941250.1
GCAATTCCTCTTCTAACAACCACGAAGAAACACATTTATAACGGATGTCAAATCACCGAAGGTCCTTTAAAAAAATTCAAACTGAAGAAGGTCATTTTTTTTTCTCACAACTGCAACGTCTTCTAGCTAATACATTATACATACAGTAAATAAATAGGTAATAAAGTTGAAGTAGAGATGAACGATTCAGCAGCAGCAGCATCAACTCAACTTGCTCCAACACCATCACTCGCTACGCCTCATGATTGTGAAATTCAAAT...
XM_057941249.1
ACCGAAGGTCCTTTAAAAAAATTCAAACTGAAGAAGGTCATTTTTTTTTCTCACAACTGCAACGTCTTCTAGCTAATACATTATACATACAGTAAATAAATAGGTAATAAAGTTGAAGTAGAGATGAACGATTCAGCAGCAGCAGCATCAACTCAACTTGCTCCAACACCATCACTCGCTACGCCTCATGATTGTGAAATTCAAATTCTGAAAGCTGGAAATGAGGTCACGATTGATCTTATACCAACAACCACTGAAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131013187
ATGAACGATTCAGCAGCAGCAGCATCAACTCAACTTGCTCCAACACCATCACTCGCTACGCCTCATGATTGTGAAATTCAAATTCTGAAAGCTGGAAATGAGGTCACGATTGATCTTATACCAACAACCACTGAAGCGGAGGACGTCGATGATGAACATCAGACTGCAAAAGGAGATGCTGCAACAACGGCAGAAGCGGAGGATGAACAGCCGCCAGAGAATCCTCATCACCAATCAATGTATAAAGCTGCAAGAGAAGG...
LOC131013187
ATGAACGATTCAGCAGCAGCAGCATCAACTCAACTTGCTCCAACACCATCACTCGCTACGCCTCATGATTGTGAAATTCAAATTCTGAAAGCTGGAAATGAGGTCACGATTGATCTTATACCAACAACCACTGAAGCGGAGGACGTCGATGATGAACATCAGACTGCAAAAGCAGGAGATGCTGCAACAACGGCAGAAGCGGAGGATGAACAGCCGCCAGAGAATCCTCATCACCAATCAATGTATAAAGCTGCAAGAGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057797232.1
MNDSAAAASTQLAPTPSLATPHDCEIQILKAGNEVTIDLIPTTTEAEDVDDEHQTAKAGDAATTAEAEDEQPPENPHHQSMYKAAREGDWAAAEMLLERDKELGWREITEAGDRALHLAVSRKHTEFVSRLIEMVGWEMLELYDGDGYTACCYAAMAGNLELVRIMMEANPFIANLQNWYGTTPFELAISYGNAHIVEYFLRVIEIKGLSEKHWFNILLVAIGSKMFDVALIILENKGNLAVMLDDDNRTALHVLAQLDI...
XP_057797233.1
MNDSAAAASTQLAPTPSLATPHDCEIQILKAGNEVTIDLIPTTTEAEDVDDEHQTAKGDAATTAEAEDEQPPENPHHQSMYKAAREGDWAAAEMLLERDKELGWREITEAGDRALHLAVSRKHTEFVSRLIEMVGWEMLELYDGDGYTACCYAAMAGNLELVRIMMEANPFIANLQNWYGTTPFELAISYGNAHIVEYFLRVIEIKGLSEKHWFNILLVAIGSKMFDVALIILENKGNLAVMLDDDNRTALHVLAQLDIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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