当前解析结果
SmilChr02G004439| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004439 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004439 |
| 描述 | probable inactive nicotinamidase At3g16190 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 66765171 - 66767613 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013190 |
|---|---|
| GeneID | 131013190 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013190 |
| 原始查询 | SmilChr02G004439 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable inactive nicotinamidase At3g16190 |
| 产物 | probable inactive nicotinamidase At3g16190 |
| Arabidopsis | AT3G16190 (AT3G16190)Isochorismatase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820865] identity=62.7; qcov=0.99; evalue=1.12e-86; confidence=high |
| Rice | Os02g0276400- identity=60.9; qcov=0.969; evalue=1.28e-77; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00857 (Isochorismatase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013190 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057797236.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057797236.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057797236.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797236.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797236.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:66765244 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 67 | A11,A13,A19,A2,A22,A3,A5,A9,B10,B101,B102,B105,B110,B111,B113,B117,B118,B120,B122,B131,B133,B134,B135,B15,B16,B18,B21,B22,B23,B25,B27,B31,B37,B49,B5,B52,B57,B68,B76,B8,B88,B89,B9,B91,B93,C1,C18,C25,C35,C4,C41,C42,C44,C48,C49,C50,C51,C55,C58,C61,C64,C72,C79,C82,C84,D2,D7 |
Chr2:66765403 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr2:66765407 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr2:66766894 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,B26 |
Chr2:66766957 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B53,B71,C45 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797236.1PF00857
Isochorismatase 8-186 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797236.1 |
Pfam | PF00857 |
Isochorismatase | Domain | 8 | 186 | 5.9e-38 | 131.4 | Isochorismatase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。