当前解析结果
SmilChr02G004466| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004466 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004466 |
| 描述 | aquaporin TIP2-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 67065916 - 67068954 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007751 |
|---|---|
| GeneID | 131007751 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007751 |
| 原始查询 | SmilChr02G004466 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | aquaporin TIP2-1-like |
| 产物 | aquaporin TIP2-1-like |
| Arabidopsis | AT3G16240 (DELTA-TIP)delta tonoplast integral protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820870] identity=77.6; qcov=1; evalue=1.62e-134; confidence=high |
| Rice | Os06g0336200 (OsTIP2)- identity=77.6; qcov=0.988; evalue=2.79e-129; confidence=high |
| GO | GO:0006833 (water transport); GO:0015250 (water channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00230 (MIP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007751 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057790638.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057790638.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057790638.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790638.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790638.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:67066318 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr2:67066386 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C69 |
Chr2:67066386 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr2:67066409 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr2:67066418 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B53,B71,C45 |
Chr2:67066422 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,B127,B54 |
Chr2:67066554 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr2:67067993 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,A7,B53,B71,C45 |
Chr2:67068055 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:67068185 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B120,B19,B77 |
Chr2:67068699 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B111,B118,B37,B45 |
Chr2:67068778 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 192 | A1,A10,A14,A15,A16,A18,A20,A22,A23,A24,A7,A8,B1,B10,B100,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B114,B115,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B137,B139,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B24,B25,B26,B28,B29,B3,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B45,B47,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B78,B79,B8,B80,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B91,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C21,C22,C24,C26,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C41,C42,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C52,C53,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C73,C74,C75,C76,C79,C80,C82,C83,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790638.1PF00230
MIP 14-232 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790638.1 |
Pfam | PF00230 |
MIP | Family | 14 | 232 | 6.9e-77 | 258.9 | Major intrinsic protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。