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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004469

染色体: Chr02 坐标: 67093412-67237173 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004469
名称SmilChr02G004469
描述uncharacterized SmilChr02G004469
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67093412 - 67237173 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007757
GeneID131007757
locus_tag-
NCBI NameLOC131007757
原始查询SmilChr02G004469

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA-directed RNA polymerase subunit beta [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820866]; symbol=AT3G16200; hit=AT3G16200; species=arabidopsis; confidence=high
产物DNA-directed RNA polymerase subunit beta [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820866]; symbol=AT3G16200; hit=AT3G16200; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G16200 (AT3G16200)
DNA-directed RNA polymerase subunit beta [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820866]
identity=70.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007757

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057790653.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057790653.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790653.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790653.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790653.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67093653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,C39,C80
Chr2:67093731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:67093740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B118,B37,B45
Chr2:67094820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,C81
Chr2:67094824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B120,B19,B77
Chr2:67094945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B137
Chr2:67095081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:67095145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:67095572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:67095713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,C39,C80
Chr2:67095812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,C32,C68
Chr2:67095890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B125,B52,B60,B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096253.1
ATTAGAAATTAATAAATTACTAAAATTTTAATTAACCCCTAATTAACTCCTAATTATTAAAGCATCGTCTTAAAATACTCCTTATTAGCTAATTTTAAGGTTAACAAGAGGTGAATCTAAAATTTCCATATAGTTGAAGGGGCCAAAATAACATCTTTAGATCGATCCTTCCCTTCCACTTTGTCGAGCTCCTCACTTTCTCACACAGTGAGCCTGAAAAAATGAAGACAACGCACAATCTGCTCGAAGGAACGGTTTCC...
XM_057934670.1
ATTAGAAATTAATAAATTACTAAAATTTTAATTAACCCCTAATTAACTCCTAATTATTAAAGCATCGTCTTAAAATACTCCTTATTAGCTAATTTTAAGGTTAACAAGAGGTGAATCTAAAATTTCCATATAGTTGAAGGGGCCAAAATAACATCTTTAGATCGATCCTTCCCTTCCACTTTGTCGAGCTCCTCACTTTCTCACACAGTGAGCCTGAAAAAATGAAGACAACGCACAATCTGCTCGAAGGAACGGTTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007757
ATGAAGACAACGCACAATCTGCTCGAAGGAACGGTTTCCACTCGGCGTCCGCCACACGCCGCCGAGAACGACGGCGGAGGCGGAGAAGCCGCCGATGAGTCCAAGACCCGCAAACACATGACCATCGCAATTCGGGTCACGAATTACTTGACCCGAACGGGCTACCTCTGGCCCATTCTGGTCACGGCGGTTGCAGTCCTGATTATCTACTCTCTACTTTACCGCTCTCACGATATTGTGCCGGCCTCCTCCTCCTTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790653.1
MKTTHNLLEGTVSTRRPPHAAENDGGGGEAADESKTRKHMTIAIRVTNYLTRTGYLWPILVTAVAVLIIYSLLYRSHDIVPASSSFGISRLFFPVDGVESDFGALGVPWCRSKHGKTVEWTPKDLLRGLEEFVPIYETRPIKNNMYGMGFDHSFGLWFITRWVKPDLMIESGAFKGHSTWVLRQAMPDTPILSLTPRHPEKYLKKGPAYVDGNCTYFAGKDFVDFGSMDWERVLRKHGIEDPTRVLVFFDDHQNELKRLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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