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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004476

染色体: Chr02 坐标: 67144439-67154795 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004476
名称SmilChr02G004476
描述golgin candidate 5
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67144439 - 67154795 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007755
GeneID131007755
locus_tag-
NCBI NameLOC131007755
原始查询SmilChr02G004476

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述golgin candidate 5
产物golgin candidate 5
ArabidopsisAT1G79830 (GC5)
golgin Putative 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844322]
identity=57.8; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0559900 (SIP25)
-
identity=62.5; qcov=0.662; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF12325 (TMF_TATA_bd); PF12329 (TMF_DNA_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007755

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057790643.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 1.00000 XP_057790643.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057790643.1
4 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057790643.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057790645.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67145201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:67145204 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B5
Chr2:67145204 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B5
Chr2:67145210 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B5
Chr2:67145210 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B5
Chr2:67145654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:67145850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:67147276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:67147277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:67152859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B107,B15,B44
Chr2:67152966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B107,B15,B44
Chr2:67153260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B81,B9,C54,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790643.1
999 aa
N
1
500
999
TMF_DNA_bd
TMF_TATA_bd
C
PF12329 TMF_DNA_bd 466-537 aa PF12325 TMF_TATA_bd 885-984 aa
XP_057790644.1
992 aa
N
1
496
992
TMF_DNA_bd
TMF_TATA_bd
C
PF12329 TMF_DNA_bd 459-530 aa PF12325 TMF_TATA_bd 878-977 aa
XP_057790645.1
915 aa
N
1
458
915
TMF_DNA_bd
C
PF12329 TMF_DNA_bd 466-537 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790643.1 Pfam PF12329 TMF_DNA_bd Coiled-coil 466 537 1.8e-13 51.0 TATA element modulatory factor 1 DNA binding
XP_057790643.1 Pfam PF12325 TMF_TATA_bd Coiled-coil 885 984 2e-28 99.5 TATA element modulatory factor 1 TATA binding
XP_057790644.1 Pfam PF12329 TMF_DNA_bd Coiled-coil 459 530 1.7e-13 51.0 TATA element modulatory factor 1 DNA binding
XP_057790644.1 Pfam PF12325 TMF_TATA_bd Coiled-coil 878 977 2e-28 99.6 TATA element modulatory factor 1 TATA binding
XP_057790645.1 Pfam PF12329 TMF_DNA_bd Coiled-coil 466 537 1.6e-13 51.2 TATA element modulatory factor 1 DNA binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934660.1
AGGTATTTCCTGTTTAGGATAATGTAAGTAAGGTAATTTCCCATTGAAATTCAACTGAAAGTGATTATAGTTAAATCGTTGGGAACGACGTCGTTTGCTCATTTTTATCACCGAATCAGATCAAGCCTGCTGCAAATTTTCAATCGCCATAATAAATAAAACTCCACTTTTCTGCAATCCAGCTACAATTGGGCTCCGCATTAACGGATCCCTAGTTTCCAAATCCCCAATTCTCAAATTTCCGATTTGATTCTGAAATC...
XM_057934661.1
CACCGAATCAGATCAAGCCTGCTGCAAATTTTCAATCGCCATAATAAATAAAACTCCACTTTTCTGCAATCCAGCTACAATTGGGCTCCGCATTAACGGATCCCTAGTTTCCAAATCCCCAATTCTCAAATTTCCGATTTGATTCTGAAATCACAGCCCATTTTACATCGTTTAAGCGATTTCCGAAACTGATTACTGATAAAAACAACATTCGATCTTCATTTCCGGTTTGTTTCCTTTTCGAATGTTTTAGAGATTAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131007755
ATGGCGTGGTTCAGTGGGAAAGTCTCGTTGGGGAACTTAGATTTTGCTGGGGCGGTGAATAAGCTGAGTGAAAGTGTGAAGAACATCGAGAAGAACTTCGATAGTGCGCTTGGGCTTGAGGAGAAATCTGATGCTGATGCTGCGGCTGCAGCTGCTGCTAGTGACAGTGAGGCTTCTGACAGGAAGGCATTGTTCGAACCTATCATTGGGTTGATGGGTCAGAGAGGTGATGAAGATACTGTCGAGTCATCAGAAATGTC...
LOC131007755
ATGGCGTGGTTCAGTGGGAAAGTCTCGTTGGGGAACTTAGATTTTGCTGGGGCGGTGAATAAGCTGAGTGAAAGTGTGAAGAACATCGAGAAGAACTTCGATAGTGCGCTTGGGCTTGAGGAGAAATCTGATGCTGATGCTGCGGCTGCAGCTGCTGCTAGTGACAGTGAGGCATCAGGTCTATGGCCTTCAGCTTCTGACAGGAAGGCATTGTTCGAACCTATCATTGGGTTGATGGGTCAGAGAGGTGATGAAGATAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057790643.1
MAWFSGKVSLGNLDFAGAVNKLSESVKNIEKNFDSALGLEEKSDADAAAAAAASDSEASGLWPSASDRKALFEPIIGLMGQRGDEDTVESSEMSDTLDHTSSIKEKQVEDDNSVNQASEVIPGGEEVKEELRNAEVETGSEEDIKDTSGEVKENAASDHSEAEVVSPPTPVEASEQKSEEVQHTESTSNLQEEERLEEILPTSSETVQPGSTDDPQEEKGSEEISSTLLESLQPESVSPGDTVGASTSLSNIDDATSLSK...
XP_057790644.1
MAWFSGKVSLGNLDFAGAVNKLSESVKNIEKNFDSALGLEEKSDADAAAAAAASDSEASDRKALFEPIIGLMGQRGDEDTVESSEMSDTLDHTSSIKEKQVEDDNSVNQASEVIPGGEEVKEELRNAEVETGSEEDIKDTSGEVKENAASDHSEAEVVSPPTPVEASEQKSEEVQHTESTSNLQEEERLEEILPTSSETVQPGSTDDPQEEKGSEEISSTLLESLQPESVSPGDTVGASTSLSNIDDATSLSKSIDDEDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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