当前解析结果
SmilChr02G004479| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004479 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004479 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G004479 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 67220952 - 67222163 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009910 |
|---|---|
| GeneID | 131009910 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009910 |
| 原始查询 | SmilChr02G004479 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=40.3; qcov=0.382; evalue=5.3e-38; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009910 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793293.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057793293.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057793293.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057793293.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793293.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:67220964 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr2:67220967 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B102,B13,B51 |
Chr2:67220967 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B102,B13,B51 |
Chr2:67221031 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C58 |
Chr2:67221035 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,C2 |
Chr2:67221052 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 9 | A14,B12,B131,B37,B81,B95,C48,C64,C87 |
Chr2:67221058 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | A1,A16,A23,B101,B112,B117,B139,B2,B4,B52,B57,B58,B74,B85,B92,C20,C31,C37 |
Chr2:67221060 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr2:67221075 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B135,B93,C78,D2 |
Chr2:67221081 |
CCA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 57 | A15,A18,A21,A25,A7,B1,B10,B100,B108,B123,B124,B128,B129,B138,B17,B33,B37,B44,B47,B5,B52,B53,B54,B57,B61,B71,B82,B84,B89,B91,B93,C22,C27,C28,C31,C33,C36,C39,C40,C41,C45,C49,C50,C51,C52,C54,C61,C64,C65,C78,C86,C9,D11,D2,D4,D6,D8 |
Chr2:67221094 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,B40 |
Chr2:67221112 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B37,B73 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。