当前解析结果
SmilChr02G004481| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004481 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004481 |
| 描述 | protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 67268535 - 67271788 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007763 |
|---|---|
| GeneID | 131007763 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007763 |
| 原始查询 | SmilChr02G004481 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like |
| 产物 | protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4-like |
| Arabidopsis | AT1G80530 (AT1G80530)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844392] identity=61.6; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0179200- identity=58.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06813 (Nodulin-like); PF23262 (NFD4_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007763 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057790665.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057790665.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057790665.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790665.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790665.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:67269063 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr2:67270152 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr2:67271323 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B44 |
Chr2:67271492 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B131 |
Chr2:67271492 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790665.1PF06813
Nodulin-like 11-257 aa
PF23262
NFD4_C 340-540 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790665.1 |
Pfam | PF06813 |
Nodulin-like | Domain | 11 | 257 | 9.1e-88 | 294.7 | Nodulin-like |
XP_057790665.1 |
Pfam | PF23262 |
NFD4_C | Domain | 340 | 540 | 1.1e-28 | 101.3 | NFD4, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。