Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004534`

染色体: Chr02 坐标: 67904465-67906235 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004534`
名称	SmilChr02G004534
描述	chaperone protein dnaJ 8, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	67904465 - 67906235 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008528`
GeneID	`131008528`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008528`
原始查询	`SmilChr02G004534`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chaperone protein dnaJ 8, chloroplastic-like
产物	chaperone protein dnaJ 8%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G80920` (J8) Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844432] identity=59; qcov=0.924; evalue=3.43e-47; confidence=medium
Rice	`Os06g0650900` (OsDjC56) - identity=39; qcov=0.69; evalue=4.01e-20; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00226 (DnaJ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008528

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057791413.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057791413.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791413.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791413.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791413.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:67904771`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,C30,C33
`Chr2:67905790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791413.1

145 aa

145

DnaJ

PF00226 DnaJ 45-98 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791413.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	45	98	3e-16	60.0	DnaJ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935430.1
CTTTTGGATAAGACCTCCAATCACACGTCATCACCCTCCAACTATTATATATGAAAGCGAGACACCCCTCTACCATTCATACATTTTCTCTCTATTCCAAAACAGTCGCCTTCTCAATCTAATTACTATTCTTATTGACTTCATTTTAGAAGCTTAATTTATCAATATAGCTATCGTTTCCCCATCACCATTTTTATAAAGAAAGACCCCATTGACACACATATATATATTCTTACATAGGAATCGGGGCACACAATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008528
ATGGCTGCTGCTGCCGTGGGTTGTGGGTCTACTTGGGCTCAATTCAAGGATACCTCATCAAGAAGAAGCTTGAGGAATAAAAAGTGTAATAGTAAGGGATTTAGGGTTTCTTGTGTGTCTTCTACTGTGAGTGATCCGTACCAGACACTAAGCATTCGCCCGGGTGCATCTGAATCTGAGATTAAGAAGGCTTTTAGGCAGCTTGCTCTTAAGTATCATCCAGATGTATGCAGAGGAAGCAATTGTGGCGTCCAATTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791413.1
MAAAAVGCGSTWAQFKDTSSRRSLRNKKCNSKGFRVSCVSSTVSDPYQTLSIRPGASESEIKKAFRQLALKYHPDVCRGSNCGVQFHQINEAYNIVMSNVRGESSGAEMYDEDEQNEQDWDLWEEWMGWEGAGIRDYSSHINPYI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器