Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004539`

染色体: Chr02 坐标: 67964505-67965669 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004539`
名称	SmilChr02G004539
描述	carboxylesterase 1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	67964505 - 67965669 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008534`
GeneID	`131008534`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008534`
原始查询	`SmilChr02G004539`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	carboxylesterase 1-like
产物	carboxylesterase 1-like
Arabidopsis	`AT5G62180` (CXE20) carboxyesterase 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836339] identity=44.1; qcov=0.875; evalue=1.32e-92; confidence=medium
Rice	`Os08g0547800` - identity=42.8; qcov=0.831; evalue=1.21e-74; confidence=medium
GO	GO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG	-
Pfam	PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008534

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791424.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057791424.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791424.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791424.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791424.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:67964701`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	59	A13,A21,A22,A8,B104,B112,B115,B117,B129,B133,B139,B14,B140,B22,B23,B25,B26,B31,B37,B42,B43,B47,B49,B52,B55,B64,B68,B75,B76,B8,B80,B81,B9,B99,C1,C11,C13,C14,C22,C24,C26,C27,C29,C30,C37,C41,C45,C47,C5,C54,C61,C69,C77,C79,C83,C86,D1,D10,D11
`Chr2:67964703`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	53	A21,A7,A8,B100,B105,B106,B108,B115,B121,B126,B131,B133,B134,B137,B20,B25,B31,B40,B47,B5,B50,B52,B60,B66,B71,B73,B78,B8,B84,B9,C11,C17,C30,C35,C36,C38,C4,C45,C48,C52,C56,C6,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C69,C9,D1,D2,D5
`Chr2:67964767`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B139
`Chr2:67964767`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B139
`Chr2:67964795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C14
`Chr2:67964831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr2:67964942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B64,C30,C5,D10
`Chr2:67965173`	`C`	`CT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	C14,D10
`Chr2:67965173`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C14,D10
`Chr2:67965288`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C80
`Chr2:67965288`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C80
`Chr2:67965434`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,A5,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791424.1

360 aa

180

360

BD-FAE

Abhydrolase_3

PF20434 BD-FAE 120-222 aa PF07859 Abhydrolase_3 125-335 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791424.1`	Pfam	`PF20434`	BD-FAE	Domain	120	222	4.4e-14	53.2	BD-FAE
`XP_057791424.1`	Pfam	`PF07859`	Abhydrolase_3	Domain	125	335	5.1e-51	174.1	alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935441.1
ATCAATTTTCCGGTCGATCGTTTCTATTATATATGTATTGAGTGTTTGTTGCGTTGAAATTCCGTGGGTCAGTTGTATATGTTTATGCAATACATGACAAATTCAAAGCAATACATTACCATTCACAGTCACAAGTATCGGATCTCGTTTAAACATAGGATCTCTTCTCCCCATGCACATTATATATTCCGAGTTGAGGAAAAAAAAAAGTGTGCTAATATGTCTTCCGACGACCCCCTCGGCAGCCTGGGCTTCAGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008534
ATGTTTATGCAATACATGACAAATTCAAAGCAATACATTACCATTCACAGTCACAAGTATCGGATCTCGTTTAAACATAGGATCTCTTCTCCCCATGCACATTATATATTCCGAGTTGAGGAAAAAAAAAAGTGTGCTAATATGTCTTCCGACGACCCCCTCGGCAGCCTGGGCTTCAGGCGCAACCCCGACGGTTCCGTGAGCCGCGCGATCGAGATGGCAAAAACGCCGGCGTCGGCCGACCCCAACGCCGCGGCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791424.1
MFMQYMTNSKQYITIHSHKYRISFKHRISSPHAHYIFRVEEKKKCANMSSDDPLGSLGFRRNPDGSVSRAIEMAKTPASADPNAAAPVLSKDVPLNPSTNTSLRLFLPRTTLDPATTGPTLLPLIIYAHGGGFIILSAASAVCHHFCSTLALSTPAVVASVEYRLAPEHRLPAAYEDCMQALSWARTTTDDWIVNYADRSCCYLMGTSAGGNIALHVALHADDLIKGLILHQPFFGGVERTASEMRLADNKILPIQATDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器