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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004543

染色体: Chr02 坐标: 67989983-67994776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004543
名称SmilChr02G004543
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50990
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向67989983 - 67994776 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008537
GeneID131008537
locus_tag-
NCBI NameLOC131008537
原始查询SmilChr02G004543

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50990
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50990
ArabidopsisAT5G50990 (AT5G50990)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835172]
identity=55.8; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0821700 (OJ1754_E06.32)
-
identity=38.6; qcov=0.989; evalue=1.53e-132; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057791429.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791429.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791429.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791429.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791429.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:67991037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C5
Chr2:67991118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:67991156 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B94,B98
Chr2:67991156 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 B94,B98
Chr2:67991161 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B94,B98
Chr2:67991161 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B94,B98
Chr2:67991509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B12,B30,C57
Chr2:67991846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B84
Chr2:67992107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791429.1
545 aa
N
1
272
545
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 114-137 aa PF13041 PPR_2 139-188 aa PF01535 PPR 142-169 aa PF01535 PPR 215-235 aa PF13812 PPR_3 239-287 aa PF13041 PPR_2 241-288 aa PF01535 PPR 244-273 aa PF13812 PPR_3 264-324 aa PF01535 PPR 278-305 aa PF01535 PPR 315-340 aa PF20431 E_motif 358-417 aa PF14432 DYW_deaminase 453-545 aa
XP_057791430.1
545 aa
N
1
272
545
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 114-137 aa PF13041 PPR_2 139-188 aa PF01535 PPR 142-169 aa PF01535 PPR 215-235 aa PF13812 PPR_3 239-287 aa PF13041 PPR_2 241-288 aa PF01535 PPR 244-273 aa PF13812 PPR_3 264-324 aa PF01535 PPR 278-305 aa PF01535 PPR 315-340 aa PF20431 E_motif 358-417 aa PF14432 DYW_deaminase 453-545 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791429.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 114 137 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791429.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 139 188 2.5e-34 117.8 PPR repeat family
XP_057791429.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 142 169 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791429.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 215 235 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791429.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 239 287 3.2e-14 53.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791429.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 241 288 2.5e-34 117.8 PPR repeat family
XP_057791429.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 244 273 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791429.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 264 324 3.2e-14 53.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791429.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 278 305 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791429.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 315 340 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791429.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 358 417 1.6e-11 45.0 E motif
XP_057791429.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 453 545 4.3e-32 110.5 DYW family of nucleic acid deaminases
XP_057791430.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 114 137 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791430.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 139 188 2.5e-34 117.8 PPR repeat family
XP_057791430.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 142 169 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791430.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 215 235 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791430.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 239 287 3.2e-14 53.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791430.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 241 288 2.5e-34 117.8 PPR repeat family
XP_057791430.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 244 273 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791430.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 264 324 3.2e-14 53.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791430.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 278 305 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791430.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 315 340 7.5e-37 123.7 PPR repeat
XP_057791430.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 358 417 1.6e-11 45.0 E motif
XP_057791430.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 453 545 4.3e-32 110.5 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935446.1
TAAAAGCAAAATCGCAAAAGTCGAAAATTCATTTCGTTAGTGTAGCAAAGGAAGGGCGGCTTTCCCAAAATGGGCTTTCTTTCCCATCTTTCCCCAAAAATGTCCAAGAATCACCCCGCTATCCTGTTCGAGTAAGTGGGACTGCTTTTATTTTTTTCACCTTGTTTCGGCGGGAAGCGGCAACCACGATTAGTATGAAATAAATTATGCCGAAGCTGTTGAATAATGGAAATTCCGAGGAGATTGTATTCTTTAATGCG...
XM_057935447.1
GCAAAATCGCAAAAGTCGAAAATTCATTTCGTTAGTGTAGCAAAGGAAGGGCGGCTTTCCCAAAATGGGCTTTCTTTCCCATCTTTCCCCAAAAATGTCCAAGAATCACCCCGCTATCCTGTTCGAGTAAGTGGGACTGCTTTTATTTTTTTCACCTTGTTTCGGCGGGAAGCGGCAACCACGATTAGTATGAAATAAATTATGCCGAAGCTGTTGAATAATGGAAATTCCGAGGAGATTGTATTCTTTAATGCGCCCAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008537
ATGGAAATTCCGAGGAGATTGTATTCTTTAATGCGCCCATTTCATCGGGGATATGCTTCCGCTTTCTGCCCTAATCCTTACTCTACTGCCGCTTCACCTCAATTCCTTTATCCAGCCTCAGATGATCAAACCCTTTTCTGCATTCTTGAATCATGCAAGCTGCCATCTAGTATCAGAACTGCAGCTACTGTGCACAGTAAAATCTTAAAACAAGGATATGTAATGTGCCCATCACTTTTATCCAGGCTGATTAAGGCATA...
LOC131008537
ATGGAAATTCCGAGGAGATTGTATTCTTTAATGCGCCCATTTCATCGGGGATATGCTTCCGCTTTCTGCCCTAATCCTTACTCTACTGCCGCTTCACCTCAATTCCTTTATCCAGCCTCAGATGATCAAACCCTTTTCTGCATTCTTGAATCATGCAAGCTGCCATCTAGTATCAGAACTGCAGCTACTGTGCACAGTAAAATCTTAAAACAAGGATATGTAATGTGCCCATCACTTTTATCCAGGCTGATTAAGGCATA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791429.1
MEIPRRLYSLMRPFHRGYASAFCPNPYSTAASPQFLYPASDDQTLFCILESCKLPSSIRTAATVHSKILKQGYVMCPSLLSRLIKAYAACDKPALAHQLLTEICSASSNVNSANLLIDSFVKVGEIDTAKKVFNAMPFRDVVTWNLIIGGCVKGRLFVEAIGMFKEMLETNIEPDGFTFASVVTACSKLGALNHGKWVHGLMMEKKVELNYILSSALVDLYSRCGRIETAKSIFDAADKTDVSIWNSMINGLAMHGLAAD...
XP_057791430.1
MEIPRRLYSLMRPFHRGYASAFCPNPYSTAASPQFLYPASDDQTLFCILESCKLPSSIRTAATVHSKILKQGYVMCPSLLSRLIKAYAACDKPALAHQLLTEICSASSNVNSANLLIDSFVKVGEIDTAKKVFNAMPFRDVVTWNLIIGGCVKGRLFVEAIGMFKEMLETNIEPDGFTFASVVTACSKLGALNHGKWVHGLMMEKKVELNYILSSALVDLYSRCGRIETAKSIFDAADKTDVSIWNSMINGLAMHGLAAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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