Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004548`

染色体: Chr02 坐标: 68021422-68028022 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004548`
名称	SmilChr02G004548
描述	chromophore lyase CRL, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	68021422 - 68028022 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008542`
GeneID	`131008542`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008542`
原始查询	`SmilChr02G004548`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chromophore lyase CRL, chloroplastic
产物	chromophore lyase CRL%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G51020` (CRL) crumpled leaf [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835175] identity=73.2; qcov=0.974; evalue=5.62e-146; confidence=high
Rice	`Os11g0524300` - identity=72.8; qcov=0.838; evalue=2.39e-130; confidence=high
GO	GO:0016829 (lyase activity); GO:0017009 (protein-phycocyanobilin linkage)
KEGG	-
Pfam	PF06206 (CpeT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057791436.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057791436.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057791436.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791436.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791436.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:68021696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B40,C43,C55,C65
`Chr2:68021730`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C21
`Chr2:68026004`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr2:68026086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C72,D8
`Chr2:68026565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	B2,B6,B66,B82,C1,C4,C63,C79,C81,D5
`Chr2:68026715`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr2:68027501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:68027670`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:68027690`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,C1,C22,C5
`Chr2:68027695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:68027702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:68027759`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791436.1

272 aa

136

272

CpeT

PF06206 CpeT 56-239 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791436.1`	Pfam	`PF06206`	CpeT	Domain	56	239	5.2e-42	144.5	CpeT/CpcT family (DUF1001)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935453.1
TGTAAATTTGGATAGTAGGAGTAGGAGAGGACCACGCAATCTGACCCAATCCTCTAATTACAATGCCAGCCACTTCATGTAACAAAATCAAACTCCAAAATCCAAAAATCTAAAATCAAAATCTCTTTTTAACAACATTTTTCCCCCAAAATTGTTAATCATTAATGATTGATGGAGAGTGGGTGGATTGAGTAGAGCGAGCGAGCAACAGGCAGCATGTGCACCAGCTCAGTTTCGGGCTCGGACTCCGACTCGGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008542
ATGTGCACCAGCTCAGTTTCGGGCTCGGACTCCGACTCGGGCTCGGGCTCCAATGGATGGAGCAAAGCCCGCGGAGTAGTGCTCAAGAGTCTGGTGTTAATGGGCGGAGCGCTGTTGCTGAAGCGTCTCACTAAGTCCACCACCCGCTGGGACCATGCGCGCATCGTCGCCGACTCACTCGCCGGCGAGAAGTTTTCGAGGGAGCAGGCGTCGAGGGAGCCGGACAACTATTTCAATTTGAGATGGCTCTCGTGTCCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791436.1
MCTSSVSGSDSDSGSGSNGWSKARGVVLKSLVLMGGALLLKRLTKSTTRWDHARIVADSLAGEKFSREQASREPDNYFNLRWLSCPAAEMVDGSRVLYFEQAFWRTPHKPFRQRFFMVKPCSKEMKCDVEMSTYAIRDSEEYKNFCDRSRDQRPQPEEVIGDIAEHLTTIYLKRCDRGKRCLYEGSSPADGFPNTWNGASYCTSELTVLKNSEIHTCDRGYDDEGNQVWGVKGGPYEFKPAPASSFSDPFSSLNIPPQFT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器