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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004549

染色体: Chr02 坐标: 68031027-68033650 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004549
名称SmilChr02G004549
描述uncharacterized protein At4g14100-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68031027 - 68033650 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008543
GeneID131008543
locus_tag-
NCBI NameLOC131008543
原始查询SmilChr02G004549

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transferring glycosyl group transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821958]; symbol=AT3G23760; hit=AT3G23760; species=arabidopsis; confidence=high
产物transferring glycosyl group transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821958]; symbol=AT3G23760; hit=AT3G23760; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G23760 (AT3G23760)
transferring glycosyl group transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821958]
identity=59.2; qcov=0.925; evalue=6.88e-75; confidence=high
RiceOs07g0189800
-
identity=58.3; qcov=0.724; evalue=1.92e-56; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF28435 (DUF8395)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008543

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Lysosome 溶酶体 0.80000 XP_057791437.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057791437.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057791437.1
4 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057791437.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791437.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68033156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:68033457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B12,B30,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791437.1
199 aa
N
1
100
199
DUF8395
C
PF28435 DUF8395 29-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791437.1 Pfam PF28435 DUF8395 Domain 29 175 9.7e-73 243.8 Domain of unknown function (DUF8395)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935454.1
TAAAAATATCATATATTGAGCACATAACACTCATATATGTGTGGTGTGTATTTGAACAAAGGCAAAAGATCGCATGTCCAGTACGAAAATGACTCCATGGATGAATTCCATACACCTTATCCACAAAAAGATTTGTAAGTATGGTGGACAACATGAATCTCTGTCTTCTCCTTCTCCTCTTTATCTCTGTCATCCTCCCGGTTTGGAGCGAGCCGACGCCCGCCCCATGGCCGCTGCAGTTCCACTCGACGCAGGTGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008543
ATGGTGGACAACATGAATCTCTGTCTTCTCCTTCTCCTCTTTATCTCTGTCATCCTCCCGGTTTGGAGCGAGCCGACGCCCGCCCCATGGCCGCTGCAGTTCCACTCGACGCAGGTGCTGAGAAACAGGCAAGGGCAGCTTCAAATCAACGAGCTCTGGTACGATTGGCCCAACGGCCGCAACCTCAACATCATCTACAAACAACTGGGGGAAATCATCTACGATTTGGAGTGGGACAACGGCACCTCCTACTACTACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791437.1
MVDNMNLCLLLLLFISVILPVWSEPTPAPWPLQFHSTQVLRNRQGQLQINELWYDWPNGRNLNIIYKQLGEIIYDLEWDNGTSYYYTREQCTTMHFPVGILRPNFLDGANYLGQQRKDGFLCNVWEKVGFIWYYEDVVTNTPVSWTFYSGLSTQVMTFEVGKVLDDSNWQAPVYCFEEAKIKQDHHPLLQSPFPLIRDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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