当前解析结果
SmilChr02G004551| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004551 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004551 |
| 描述 | succinate dehydrogenase assembly factor 2, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 68042315 - 68044603 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008545 |
|---|---|
| GeneID | 131008545 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008545 |
| 原始查询 | SmilChr02G004551 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | succinate dehydrogenase assembly factor 2, mitochondrial |
| 产物 | succinate dehydrogenase assembly factor 2%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT5G51040 (SDHAF2)succinate dehydrogenase assembly factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835177] identity=68.5; qcov=0.799; evalue=8.81e-72; confidence=high |
| Rice | Os11g0528300- identity=66.4; qcov=0.749; evalue=8.45e-63; confidence=high |
| GO | GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006099 (tricarboxylic acid cycle); GO:0006121 (mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone); GO:0018293 (protein-FAD linkage); GO:0034553 (mitochondrial respiratory chain complex II assembly) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03937 (Sdh5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008545 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057791439.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.80000 | XP_057791439.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791439.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791439.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791439.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:68042826 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr2:68044134 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B67,C24,C71,C73 |
Chr2:68044134 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | B67,C24,C71,C73 |
Chr2:68044211 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr2:68044215 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,B84 |
Chr2:68044417 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 10 | B10,B105,B134,B2,B69,B74,B8,C31,C86,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791439.1PF03937
Sdh5 65-134 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791439.1 |
Pfam | PF03937 |
Sdh5 | Domain | 65 | 134 | 1.8e-22 | 79.8 | Flavinator of succinate dehydrogenase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。