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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004553

染色体: Chr02 坐标: 68051355-68054640 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004553
名称SmilChr02G004553
描述uncharacterized SmilChr02G004553
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68051355 - 68054640 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008547
GeneID131008547
locus_tag-
NCBI NameLOC131008547
原始查询SmilChr02G004553

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P0666G10.103; symbol=P0666G10.103; hit=Os08g0538600; species=rice; confidence=high
产物P0666G10.103; symbol=P0666G10.103; hit=Os08g0538600; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G61820 (AT5G61820)
stress up-regulated Nod 19 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836304]
identity=52; qcov=0.946; evalue=6.57e-157; confidence=high
RiceOs08g0538600 (P0666G10.103)
-
identity=55.9; qcov=0.95; evalue=2.87e-167; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07712 (SURNod19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008547

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057791441.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057791441.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791441.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791441.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791441.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68052088 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:68052389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:68052572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:68052695 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B107,B44
Chr2:68052695 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 B107,B44
Chr2:68052799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B59,B84
Chr2:68052805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:68053132 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B79
Chr2:68053138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B2
Chr2:68053244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,C1,C22,C5
Chr2:68053976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,B98
Chr2:68053999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791441.1
463 aa
N
1
232
463
SURNod19
C
PF07712 SURNod19 34-407 aa
XP_057791442.1
463 aa
N
1
232
463
SURNod19
C
PF07712 SURNod19 34-407 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791441.1 Pfam PF07712 SURNod19 Domain 34 407 1.3e-182 607.4 Stress up-regulated Nod 19
XP_057791442.1 Pfam PF07712 SURNod19 Domain 34 407 1.3e-182 607.4 Stress up-regulated Nod 19

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935458.1
TGAGTTTTTGCACGCAAATCAATACCATTAATGATGGAAGTTTGAGAGGATTGAAATTGATCAACGATCACAATAGTCTTTGTCCCAACGTGAAGCTGCATGAGTCTCTCTCTCTCTATCTCCCCAGTTTCAGCCAGTTTCTTGGAGCCCACCATAATTTTGATTTCAATTATCGCATTCGTGCGTGGTGTATATACACTTCATCGAGAAAACTCTTATTCCACTTTTTATCGGTAATGCTTTGAGGAGATTCGAATTCA...
XM_057935459.1
GATGGAAGTTTGAGAGGATTGAAATTGATCAACGATCACAATAGTCTTTGTCCCAACGTGAAGCTGCATGAGTCTCTCTCTCTCTATCTCCCCAGTTTCAGCCAGTTTCTTGGAGCCCACCATAATTTTGATTTCAATTATCGCATTCGTGCGTGGTGTATATACACTTCATCGAGAAAACTCTTATTCCACTTTTTATCGGTACTGCTTCTGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTTTGTATTTGCTCTCTTCTGAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131008547
ATGATTTCTGGTTCAAAACGCCTGTTGTGTTACCTAGCTATCCTCCTTTTCCTTTTGATAGTTCAAAGTTCACGAGCTCATCTAAGTAGCCAAAATGGGATGAAAGCCGATGTGTTTCTGTCGCCTGTATTTGTACTAGGGCCAGGATCAGTTTCAAATAAATTCTACTATGGGATTGATTTTCCAAGAGGCCATATTGCTATCAAGAAATTCAACGCTGAAGTGGTTGATGAGGAAGAGAATCCGGTCCCCCTTCATGA...
LOC131008547
ATGATTTCTGGTTCAAAACGCCTGTTGTGTTACCTAGCTATCCTCCTTTTCCTTTTGATAGTTCAAAGTTCACGAGCTCATCTAAGTAGCCAAAATGGGATGAAAGCCGATGTGTTTCTGTCGCCTGTATTTGTACTAGGGCCAGGATCAGTTTCAAATAAATTCTACTATGGGATTGATTTTCCAAGAGGCCATATTGCTATCAAGAAATTCAACGCTGAAGTGGTTGATGAGGAAGAGAATCCGGTCCCCCTTCATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057791441.1
MISGSKRLLCYLAILLFLLIVQSSRAHLSSQNGMKADVFLSPVFVLGPGSVSNKFYYGIDFPRGHIAIKKFNAEVVDEEENPVPLHETYLHHWVVVGYRQRKGESSPEHFGDTGLLQYNSAFIRNSGMCDNSLVQYFGLGSETRKTATDVPDPYGIEVGNPADVPAGYEERWLLNVHAIDTRGAEDKLGCTECRCDLYNVTADQYGDALPPDYIGGMKCCHDGVRCRVKEGFQGKSRSLYLKYTVTYMDWDASIVPVQIY...
XP_057791442.1
MISGSKRLLCYLAILLFLLIVQSSRAHLSSQNGMKADVFLSPVFVLGPGSVSNKFYYGIDFPRGHIAIKKFNAEVVDEEENPVPLHETYLHHWVVVGYRQRKGESSPEHFGDTGLLQYNSAFIRNSGMCDNSLVQYFGLGSETRKTATDVPDPYGIEVGNPADVPAGYEERWLLNVHAIDTRGAEDKLGCTECRCDLYNVTADQYGDALPPDYIGGMKCCHDGVRCRVKEGFQGKSRSLYLKYTVTYMDWDASIVPVQIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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