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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004557

染色体: Chr02 坐标: 68101828-68103606 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004557
名称SmilChr02G004557
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61800
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68101828 - 68103606 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008551
GeneID131008551
locus_tag-
NCBI NameLOC131008551
原始查询SmilChr02G004557

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61800
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61800
ArabidopsisAT5G61800 (AT5G61800)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836302]
identity=48.7; qcov=0.916; evalue=6.66e-170; confidence=high
RiceOs04g0401200 (OSJNBb0012E08.2)
-
identity=47.8; qcov=0.736; evalue=6.99e-125; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008551

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057791445.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791445.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791445.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791445.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791445.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68101837 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 10 A15,B103,B127,B22,B54,B67,B99,C24,C71,C73
Chr2:68102227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,C45,C48,C83
Chr2:68102623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C30,C74
Chr2:68102833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr2:68102880 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,C45,C48,C83
Chr2:68103215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:68103228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C40
Chr2:68103239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791445.1
534 aa
N
1
267
534
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13041 PPR_2 83-130 aa PF13812 PPR_3 84-131 aa PF01535 PPR 88-115 aa PF01535 PPR 160-180 aa PF12854 PPR_1 183-213 aa PF13041 PPR_2 185-217 aa PF01535 PPR 188-217 aa PF01535 PPR 219-247 aa PF01535 PPR 259-284 aa PF01535 PPR 292-317 aa PF01535 PPR 321-350 aa PF01535 PPR 362-382 aa PF01535 PPR 392-417 aa PF20431 E_motif 435-498 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 83 130 3.7e-42 142.9 PPR repeat family
XP_057791445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 84 131 7.2e-17 61.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 88 115 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 160 180 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 183 213 7.6e-25 87.1 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 185 217 3.7e-42 142.9 PPR repeat family
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 188 217 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 219 247 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 259 284 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 292 317 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 321 350 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 362 382 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 392 417 1.6e-49 163.4 PPR repeat
XP_057791445.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 435 498 5.8e-10 40.0 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935462.1
ATGAGAAGAGAAATGCAAATAATATGCATGCAAACATCCCATCTCGTATCCACTCTCAAACTCAGCTGCAAAACCAGCGCACACATCCACCAAGTCCATGCTCAAGCCATCACCAGAGGCCTCTTCTCTCTCTACCCCTCTCTCCTTCTCTCTCACATCCTCCATTCCTTCACTTTCTCACCCCAACACCACACCACCAATCATCACATCATCTACTTCACCAACGTTTTCACTCTCATCCCAAACCCCTCTACTTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008551
ATGAGAAGAGAAATGCAAATAATATGCATGCAAACATCCCATCTCGTATCCACTCTCAAACTCAGCTGCAAAACCAGCGCACACATCCACCAAGTCCATGCTCAAGCCATCACCAGAGGCCTCTTCTCTCTCTACCCCTCTCTCCTTCTCTCTCACATCCTCCATTCCTTCACTTTCTCACCCCAACACCACACCACCAATCATCACATCATCTACTTCACCAACGTTTTCACTCTCATCCCAAACCCCTCTACTTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791445.1
MRREMQIICMQTSHLVSTLKLSCKTSAHIHQVHAQAITRGLFSLYPSLLLSHILHSFTFSPQHHTTNHHIIYFTNVFTLIPNPSTFNYNTIIRAHTTLRSPHTAFIFFLQMRRRSISPDFHTFPFLLKACGALHNSLPLARALHAQVMKLGFLDDVFVRNSLSSAYCRSRDVDGGKGVFEGSLFRDVVSYNIMIDGFVKAGEIDRARQLLDEMPERNAVSWGTLLAGYAKLDRPVEAIELFDSMIASQVKFDNVALVSAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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