Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004563

染色体: Chr02 坐标: 68144920-68148537 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004563
名称SmilChr02G004563
描述inositol polyphosphate multikinase beta-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68144920 - 68148537 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008559
GeneID131008559
locus_tag-
NCBI NameLOC131008559
原始查询SmilChr02G004563

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inositol polyphosphate multikinase beta-like
产物inositol polyphosphate multikinase beta-like
ArabidopsisAT5G61760 (IPK2BETA)
inositol polyphosphate kinase 2 beta [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836298]
identity=60.5; qcov=0.987; evalue=5.41e-129; confidence=high
RiceOs02g0523800 (OsIPK2)
-
identity=49.1; qcov=0.934; evalue=7.43e-93; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008440 (inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity); GO:0032958 (inositol phosphate biosynthetic process); GO:0051765 (inositol tetrakisphosphate kinase activity)
KEGGsmil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03770 (IPK)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008559

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791453.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057791453.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057791453.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791453.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791453.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68147398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,C4,C75,D1
Chr2:68147479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:68147874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:68147906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:68147962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B107,B44,D6
Chr2:68148010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:68148172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr2:68148254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791453.1
305 aa
N
1
152
305
IPK
C
PF03770 IPK 83-274 aa
XP_057791455.1
305 aa
N
1
152
305
IPK
C
PF03770 IPK 83-274 aa
XP_057791456.1
305 aa
N
1
152
305
IPK
C
PF03770 IPK 83-274 aa
XP_057791457.1
305 aa
N
1
152
305
IPK
C
PF03770 IPK 83-274 aa
XP_057791458.1
305 aa
N
1
152
305
IPK
C
PF03770 IPK 83-274 aa
XP_057791459.1
305 aa
N
1
152
305
IPK
C
PF03770 IPK 83-274 aa
XP_057791460.1
305 aa
N
1
152
305
IPK
C
PF03770 IPK 83-274 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791453.1 Pfam PF03770 IPK Family 83 274 1.2e-44 153.2 Inositol polyphosphate kinase
XP_057791455.1 Pfam PF03770 IPK Family 83 274 1.2e-44 153.2 Inositol polyphosphate kinase
XP_057791456.1 Pfam PF03770 IPK Family 83 274 1.2e-44 153.2 Inositol polyphosphate kinase
XP_057791457.1 Pfam PF03770 IPK Family 83 274 1.2e-44 153.2 Inositol polyphosphate kinase
XP_057791458.1 Pfam PF03770 IPK Family 83 274 1.2e-44 153.2 Inositol polyphosphate kinase
XP_057791459.1 Pfam PF03770 IPK Family 83 274 1.2e-44 153.2 Inositol polyphosphate kinase
XP_057791460.1 Pfam PF03770 IPK Family 83 274 1.2e-44 153.2 Inositol polyphosphate kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935474.1
AAGACAATAAGGAAAAGTGAAAAATGAAATGAAACTGAGAAAATATGACGGCCGCTTTTTCTTCTTCTTCCCTTCCATTCTTGTTTTCATCTTCTCTGTCGTCTATTTAAGAGGAGAAAGATGAAGCAAATTCAAATTGTTAATCTGCGCATTATCTTCTGCGGAGCTTTTTCAAATCTATGATTATTTCCCTAACATTCGAACCTTTTGTTTTGCTGCATAATTCTTCCCCTTTATTTACTAAAAATCCATAGACACCA...
XM_057935477.1
AAGACAATAAGGAAAAGTGAAAAATGAAATGAAACTGAGAAAATATGACGGCCGCTTTTTCTTCTTCTTCCCTTCCATTCTTGTTTTCATCTTCTCTGTCGTCTATTTAAGAGGAGAAAGATGAAGCAAATTCAAATTGTTAATCTGCGCATTATCTTCTGCGGAGCTTTTTCAAATCTATGATTATTTCCCTAACATTCGAACCTTTTGTTTTGCTGCATAATTCTTCCCCTTTATTTACTAAAAATCCATAGACACCA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131008559
ATGCTTAAAGTCCCAGATCACCAGGTTGCTGGACACAAAGCTGGTGGTGGACGGCTTGGACCTCTTGTTGATGATTCAGGGCGTTTCTACAAGCCTCTTCAGGGTGATGAGCGTGGAGCTAACGAGGTCTCTTTCTATACATCGTTCTCTTCAAACACTAAAATTCCTGATCATATCACAAGGTTTTTCCCCAAGTTTGATGGTACTCAGCTTGTGGAAGCATCTGATGGAACGGGTATGCAACCTCATCTAGTTTTACA...
LOC131008559
ATGCTTAAAGTCCCAGATCACCAGGTTGCTGGACACAAAGCTGGTGGTGGACGGCTTGGACCTCTTGTTGATGATTCAGGGCGTTTCTACAAGCCTCTTCAGGGTGATGAGCGTGGAGCTAACGAGGTCTCTTTCTATACATCGTTCTCTTCAAACACTAAAATTCCTGATCATATCACAAGGTTTTTCCCCAAGTTTGATGGTACTCAGCTTGTGGAAGCATCTGATGGAACGGGTATGCAACCTCATCTAGTTTTACA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057791453.1
MLKVPDHQVAGHKAGGGRLGPLVDDSGRFYKPLQGDERGANEVSFYTSFSSNTKIPDHITRFFPKFDGTQLVEASDGTGMQPHLVLQDLTFDRVNPSIMDIKIGSRTWPPHAPEDYVQKCLKKDRETSSLPLGFRVSGARIFQSTKSGYWEPENKSSIQTLSADEVKLLLKNFVSSNASEVSHMKPDCAFASTVYGGSTGILSQLLELKAWFEDQTSYHFYSCSVLMMFEKELASCGKSPRAEIKLVDFAHVHEGKGVID...
XP_057791455.1
MLKVPDHQVAGHKAGGGRLGPLVDDSGRFYKPLQGDERGANEVSFYTSFSSNTKIPDHITRFFPKFDGTQLVEASDGTGMQPHLVLQDLTFDRVNPSIMDIKIGSRTWPPHAPEDYVQKCLKKDRETSSLPLGFRVSGARIFQSTKSGYWEPENKSSIQTLSADEVKLLLKNFVSSNASEVSHMKPDCAFASTVYGGSTGILSQLLELKAWFEDQTSYHFYSCSVLMMFEKELASCGKSPRAEIKLVDFAHVHEGKGVID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器