Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004568`

染色体: Chr02 坐标: 68196486-68200550 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004568`
名称	SmilChr02G004568
描述	U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	68196486 - 68200550 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008601`
GeneID	`131008601`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008601`
原始查询	`SmilChr02G004568`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
产物	U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
Arabidopsis	`AT1G09760` (U2A') U2 small nuclear ribonucleoprotein A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837505] identity=79.6; qcov=0.825; evalue=7.22e-132; confidence=high
Rice	`Os02g0234800` - identity=69.5; qcov=1.02; evalue=3.32e-136; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005515 (protein binding); GO:0030620 (U2 snRNA binding)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8); PF14580 (LRR_9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057791517.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057791517.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057791517.1`
4	Cytoskeleton	细胞骨架	0.20000	`XP_057791517.1`
5	Cell projection	细胞突起	0.20000	`XP_057791517.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:68197399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr2:68198506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr2:68199427`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr2:68199472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B48,B89,C40,C75
`Chr2:68200141`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791517.1

286 aa

143

286

LRR_9

LRR_4

PF14580 LRR_9 1-172 aa PF12799 LRR_4 68-106 aa

XP_057791518.1

285 aa

142

285

LRR_9

LRR_8

LRR_4

PF14580 LRR_9 1-172 aa PF13855 LRR_8 65-125 aa PF12799 LRR_4 68-106 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791517.1`	Pfam	`PF14580`	LRR_9	Repeat	1	172	3.1e-82	275.1	Leucine-rich repeat
`XP_057791517.1`	Pfam	`PF12799`	LRR_4	Repeat	68	106	1.5e-11	44.9	Leucine Rich repeats (2 copies)
`XP_057791518.1`	Pfam	`PF14580`	LRR_9	Repeat	1	172	3.1e-82	275.1	Leucine-rich repeat
`XP_057791518.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	65	125	9.1e-11	42.1	Leucine rich repeat
`XP_057791518.1`	Pfam	`PF12799`	LRR_4	Repeat	68	106	1.5e-11	44.9	Leucine Rich repeats (2 copies)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935535.1
TAGCGAGTGGCGTCATAGATAGTCTCATTGCTAAAACCTCTCATTCTGAAGTTCTGTTTCTGCTGCTTTGCCGCCTCTTCTCTGAAGCAACACAAGTTTGAGAGAGAGAGAGAGAGGTATATTTGTAAGAGGAATAAAGAGGTGAGAAAATGGTGAGATTAACAGCGGATTTGATCTGGAAAAGCCCCCATTTCTTCAATGCCGTTCGCGAGCGAGAACTCGATCTCCGAGGGAACAAAATTGCTGTTATAGAGAACGTT...

XM_057935534.1
TAAAACCTCTCATTCTGAAGTTCTGTTTCTGCTGCTTTGCCGCCTCTTCTCTGAAGCAACACAAGTTTGAGAGAGAGAGAGAGAGGTATATTTGTAAGAGGAATAAAGAGGTGAGAAAATGGTGAGATTAACAGCGGATTTGATCTGGAAAAGCCCCCATTTCTTCAATGCCGTTCGCGAGCGAGAACTCGATCTCCGAGGGAACAAAATTGCTGTTATAGAGAACGTTGGTGCTACTGAGGACCAATTCGACACCGTTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131008601
ATGGTGAGATTAACAGCGGATTTGATCTGGAAAAGCCCCCATTTCTTCAATGCCGTTCGCGAGCGAGAACTCGATCTCCGAGGGAACAAAATTGCTGTTATAGAGAACGTTGGTGCTACTGAGGACCAATTCGACACCGTTGATTTATCTGATAATGAGATTGTGAAGCTTGAGAACTTCCCTCTCATGAATCGCCTAGGAACCTTGCTATTGAACAATAACCGAATCACTCGCATCAGTCCTAACCTTGGAGAGTTTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057791517.1
MVRLTADLIWKSPHFFNAVRERELDLRGNKIAVIENVGATEDQFDTVDLSDNEIVKLENFPLMNRLGTLLLNNNRITRISPNLGEFLPKLHTLVLTNNRLTNLAEIDPLASLPKLQFLSLLDNNITKKPNYRLYVIHKLKSLRVLDFKKVKQKERAEAKILFASEEAEEEVKRESAKIVAAETPTQDAAKEEQTPKSSAPTPEQILAIKAAIMNSQTLEEVARLEQALKSGQLPAEFNSDGDNTPEGEATEQEDNMITEE...

XP_057791518.1
MVRLTADLIWKSPHFFNAVRERELDLRGNKIAVIENVGATEDQFDTVDLSDNEIVKLENFPLMNRLGTLLLNNNRITRISPNLGEFLPKLHTLVLTNNRLTNLAEIDPLASLPKLQFLSLLDNNITKKPNYRLYVIHKLKSLRVLDFKKVKQKERAEAKILFASEEAEEEVKRESAKIVAAETPTQDAAKEEQTPKSSAPTPEQILAIKAAIMNSQTLEEVARLEQALKSGQLPAEFNSDGDNTPEGEATEQEDNMITEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器