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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004574

染色体: Chr02 坐标: 68246240-68247238 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004574
名称SmilChr02G004574
描述ethylene-responsive transcription factor ERF115-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68246240 - 68247238 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008608
GeneID131008608
locus_tag-
NCBI NameLOC131008608
原始查询SmilChr02G004574

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF115-like
产物ethylene-responsive transcription factor ERF115-like
ArabidopsisAT5G61890 (AT5G61890)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836310]
identity=48.1; qcov=0.941; evalue=1.62e-40; confidence=medium
RiceOs04g0398000 (OsERF101)
-
identity=66.3; qcov=0.612; evalue=2.91e-41; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008608

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791529.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791529.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791529.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791529.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791529.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68246406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C60
Chr2:68246418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B14,C26,C76
Chr2:68246575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791529.1
170 aa
N
1
85
170
AP2
C
PF00847 AP2 55-105 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791529.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 55 105 7.1e-15 55.8 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935546.1
TATACTAGTTAAGTAGCCATGTGATATATTCGAAAGTGTGAGCCCTAGAAATTCATACACCATGCAATTAAAGCATTTTATAAGCCCTTATACATATATACTTACAAAATTAGATAATACACAACACAATGACCGAAAGGACCCATTTACGTCACTCACAATCAGTTTACACTTATTCAAACATGTGACAGAAAACCCTAGAAATTTGTGAAGATAAAAATGATGGTGAGACGACCTTAGTCGTGCCCTCAAATTAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008608
ATGCATGGGAAGAGGCCCCTTTCACCGGAGGAGCATTCCTTTTACTCACCGGCTAGATCACACCTAGACATGGCTTCCATCGTCACCGCCCTCTCTCGTGTTCTCGGCTGCACACACACACAACAACAAGAAAACTGTGCAATTAATGATCAAAGGATGAGACACTACAGAGGAGTCCGTCAGCGGCCGTGGGGGAAATGGGCGGCGGAGATTCGCGATCCGAACAAGGCGGCGAGAGTGTGGCTGGGCACCTTCGACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791529.1
MHGKRPLSPEEHSFYSPARSHLDMASIVTALSRVLGCTHTQQQENCAINDQRMRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPNKAARVWLGTFDSAEAAALAYDDAALRFKGHKAKLNFPERVQGRTQFAYLTTQNDINQDHLLRSHHQTSHHHGGGSPTTIPPQENWEESGCKRIRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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