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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004590

染色体: Chr02 坐标: 68398171-68399907 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004590
名称SmilChr02G004590
描述nudix hydrolase 17, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向68398171 - 68399907 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008609
GeneID131008609
locus_tag-
NCBI NameLOC131008609
原始查询SmilChr02G004590

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nudix hydrolase 17, mitochondrial-like
产物nudix hydrolase 17%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G01670 (NUDT17)
nudix hydrolase homolog 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814696]
identity=53.3; qcov=0.988; evalue=2.34e-61; confidence=high
RiceOs02g0734300
-
identity=48.7; qcov=0.934; evalue=1.88e-46; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016462 (pyrophosphatase activity)
KEGG-
PfamPF00293 (NUDIX)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008609

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057791530.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057791530.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057791530.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791530.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791530.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:68398543 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 15 B100,B112,B114,B115,B121,B17,B38,B49,B62,B85,C11,C46,C52,C69,C80
Chr2:68399012 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D3
Chr2:68399012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:68399137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791530.1
167 aa
N
1
84
167
NUDIX
C
PF00293 NUDIX 52-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791530.1 Pfam PF00293 NUDIX Domain 52 158 2.3e-11 44.5 NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935547.1
TTATCGTTTATTTAATTCCTACTCGTTTCTTATCATTGAATAATAATAGTATATAGTATATTATTTCCTTACACGGATTTAAAATAAAATTGCGAACCGATCATTTATTCTCTTTGTTTTCTTCCATCGTTATAAAAACGGGTGGAGATGGATTTACCTTTTCATCTCTATATATTTCCGAATTTGAAATTTCTTCGCTCGTTCCCATCAATTTTCTCTGGATTTTCCCTGAAAAATAAGTAATTAGTTAATTTAATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008609
ATGACTCTCCAAATCAAGAAACTGGCGAATTCGCCCTCTCGCTCCGGCAGAACTCTGCAGCGCTACAATCAGGGATTTCGTTTGGTTGTTGGATGTATACCATACAGAATAAAGCAGAGCAAGGAGATTGATGGGAGTTTGATTGAGGATTTGGAGGTGCTTTTAATAAGCTCCCAGAAGAGTGCAAGCATGATGTTCCCTAAGGGTGGTTGGGAAGTCGACGAGGAAATCGAATTGGCAGCTTTAAGAGAGACGTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791530.1
MTLQIKKLANSPSRSGRTLQRYNQGFRLVVGCIPYRIKQSKEIDGSLIEDLEVLLISSQKSASMMFPKGGWEVDEEIELAALRETLEEAGVVGSLEHKLGEWIFKSKRQEKFHEASMFSLLVTEELDVWPEKDVRRRVWMRVDEARQVCARSWMKDALDAFLCQLQT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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